def dp(dist_mat): N, M = dist_mat.shape cost_mat = np.zeros((N + 1, M + 1)) for i in range(1, N + 1): cost_mat[i, 0] = np.inf for i in range(1, M + 1): cost_mat[0, i] = np.inf traceback_mat = np.zeros((N, M)) for i in range(N): for j in range(M): penalty = [ cost_mat[i, j], cost_mat[i, j + 1], cost_mat[i + 1, j]] i_penalty = np.argmin(penalty) cost_mat[i + 1, j + 1] = dist_mat[i, j] + penalty[i_penalty] traceback_mat[i, j] = i_penalty i = N - 1 j = M - 1 path = [(i, j)] while i > 0 or j > 0: tb_type = traceback_mat[i, j] if tb_type == 0: i = i - 1 j = j - 1 elif tb_type == 1: i = i - 1 elif tb_type == 2: j = j - 1 path.append((i, j)) cost_mat = cost_mat[1:, 1:] return (path[::-1], cost_mat)解释一下
时间: 2023-03-25 08:03:55 浏览: 56
这是一个动态规划算法,用于求解两个序列之间的最小编辑距离。其中,dist_mat是一个N*M的矩阵,表示两个序列之间的距离矩阵。cost_mat是一个(N+1)*(M+1)的矩阵,用于存储最小编辑距离。traceback_mat是一个N*M的矩阵,用于记录路径。算法的核心是通过递推的方式,计算出cost_mat和traceback_mat。最后,通过回溯traceback_mat,可以得到最小编辑距离的路径和最小编辑距离的值。
相关问题
def get_stack_distmat_dtw(y,stack_array ): S,N,M = stack_array.shape stack_dist_mat_dtw = np.zeros((N,M), dtype = object) for i in range(N): for j in range(M): ts_pixel = np.zeros((S)) for s in range(S): ts_pixel[s] = stack_array[s,i,j] dist_mat_dtw = dist_matrix_dtw(ts_pixel, y) stack_dist_mat_dtw[i,j] = dist_mat_dtw return stack_dist_mat_dtw每句话的含义
这是一个关于计算时间序列距离的函数,使用了动态时间规整(DTW)算法。其中,y 是一个时间序列,stack_array 是一个三维数组,表示多个时间序列的堆叠。函数的返回值是一个 N*M 的距离矩阵,其中每个元素都是一个 DTW 距离。
def dist_matrix_dtw_window(x,y,window): N = x.shape[0] M = y.shape[0] W = np.max([window, abs(N-M)]) dist_mat_dtw_window = np.zeros((N,M)) for i in range(N): for j in range(M): dist_mat_dtw_window[i,j] = np.inf dist_mat_dtw_window[0,0] = 0
这段代码实现了使用动态时间规整(DTW)算法计算两个时间序列之间的距离,并且引入了窗口限制(window)以缩小搜索空间。具体来说,该函数接受两个长度为 N 和 M 的时间序列 x 和 y,以及窗口大小 window 作为输入,并返回一个 N×M 的距离矩阵 dist_mat_dtw_window。
在实现过程中,首先计算窗口大小 W(取 window 和 N、M 之间的最大值),然后初始化距离矩阵为无穷大。接着,将距离矩阵的第一个元素设为 0,表示两个序列的起始点距离为 0。接下来就是核心部分,双重循环遍历两个序列的所有点,并计算它们之间的距离。需要注意的是,由于窗口的存在,只有距离在窗口范围内的点才能被考虑,其余的距离值仍然保持为无穷大。最后,返回距离矩阵即可。
需要注意的是,该函数中的距离计算方式是可以根据具体需求进行调整的,比如可以使用欧几里得距离、曼哈顿距离等。同时,DTW 算法虽然具有较好的鲁棒性和灵活性,但也存在计算量大、边界问题等缺点,因此在实际应用中需要根据情况进行权衡和选择。
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