from Bio import SeqIO import re fasta_file = "your_fasta_file.fasta" txt_file = "your_txt_file.txt" records = SeqIO.parse(fasta_file, "fasta") with open(txt_file, "r") as f: lines = f.readlines() for record in records: for line in lines: pattern = line.split("\t")[0] replace = line.split("\t")[1].strip() record.id = re.sub(pattern, replace, record.id) print(">" + record.id + "\n" + str(record.seq))

这段代码的作用是从输入的FASTA文件中读取序列信息，并从输入的文本文件中读取替换规则，然后对FASTA文件中的序列ID应用这些规则并输出结果。

具体步骤如下：

1. 使用`SeqIO.parse()`函数从输入的FASTA文件中读取所有记录（sequences）。
2. 使用`open()`函数打开输入的文本文件，使用`readlines()`函数读取所有行。
3. 循环遍历FASTA文件中的每个记录，对于每个记录，再循环遍历文本文件中的每行。
4. 对于每行，提取出替换规则中的模式和替换字符串，并使用`re.sub()`函数将模式替换为替换字符串。
5. 将记录的ID替换为应用了所有替换规则后的新ID。
6. 输出处理后的记录ID和序列信息。

请注意，这段代码中的替换规则应该按行依次输入，每行包含一个模式和一个替换字符串，中间用制表符（`\t`）分隔。例如：

old_pattern_1\tnew_string_1
old_pattern_2\tnew_string_2
...

如果您有任何疑问，请随时问我。

相关问题

用python替换fasta文件的id 读取txt文件里的

好的，我理解了你的需求。你可以使用Python中的Bio模块来读取和处理fasta文件，使用正则表达式来替换fasta文件中的id。具体步骤如下：

1.安装Biopython模块：在命令行中输入`pip install biopython`即可。

2.导入Bio模块：在Python脚本中导入Bio模块，代码如下：

from Bio import SeqIO
import re

3.读取fasta文件：使用Bio模块中的SeqIO.parse()函数来读取fasta文件，代码如下：

fasta_file = "your_fasta_file.fasta"
records = SeqIO.parse(fasta_file, "fasta")

其中，`your_fasta_file.fasta`为你要读取的fasta文件名，`records`为读取结果的存储变量。

4.读取txt文件中的替换规则：使用Python中的open()函数来打开txt文件，并使用readlines()方法读取其中的内容，代码如下：

txt_file = "your_txt_file.txt"
with open(txt_file, "r") as f:
    lines = f.readlines()

其中，`your_txt_file.txt`为你要读取的txt文件名，`lines`为读取结果的存储变量。

5.替换fasta文件中的id：使用Python中的re.sub()函数来替换fasta文件中的id，代码如下：

for record in records:
    for line in lines:
        pattern = line.split("\t")[0]
        replace = line.split("\t")[1].strip()
        record.id = re.sub(pattern, replace, record.id)
    print(">" + record.id + "\n" + str(record.seq))

其中，`for record in records:`用于循环遍历fasta文件中的每一个序列，`for line in lines:`用于循环遍历txt文件中的每一行替换规则，`pattern`和`replace`分别为替换规则中的匹配模式和替换内容，`record.id = re.sub(pattern, replace, record.id)`用于替换fasta文件中的id，`print(">" + record.id + "\n" + str(record.seq))`用于输出替换后的序列。

完整代码：

from Bio import SeqIO
import re

fasta_file = "your_fasta_file.fasta"
txt_file = "your_txt_file.txt"

records = SeqIO.parse(fasta_file, "fasta")

with open(txt_file, "r") as f:
    lines = f.readlines()

for record in records:
    for line in lines:
        pattern = line.split("\t")[0]
        replace = line.split("\t")[1].strip()
        record.id = re.sub(pattern, replace, record.id)
    print(">" + record.id + "\n" + str(record.seq))

其中，`your_fasta_file.fasta`和`your_txt_file.txt`分别为你要读取的fasta文件名和txt文件名，请根据实际情况进行替换。

fasta中批量删除序列

您可以通过编写一个简单的Python脚本来轻松地从fasta文件中批量删除序列。以下是一个示例脚本：

from Bio import SeqIO

# 输入文件名和记录名列表
input_file = "input.fasta"
record_names_to_remove = ["record1", "record2", "record3"]

# 读取fasta文件
records = list(SeqIO.parse(input_file, "fasta"))

# 从记录列表中删除记录
records_filtered = [rec for rec in records if rec.id not in record_names_to_remove]

# 将过滤后的记录写入新的fasta文件
output_file = "output.fasta"
SeqIO.write(records_filtered, output_file, "fasta")

在这个脚本中，我们使用Biopython模块中的SeqIO来读取fasta文件和写入新的fasta文件。我们使用一个列表来存储要从fasta中删除的记录的名称，然后使用列表推导式筛选出未被删除的记录。最后，我们将过滤后的记录写入新的fasta文件。