linux读取一个fasta序列,输出小于氨基酸序列小于150的序列
时间: 2024-02-24 16:56:52 浏览: 37
您可以使用以下命令来实现:
```
awk '/^>/ {if (seqlen<=150) print seq; seq=""; seqlen=0; print} !/^>/ {seq=seq""$0; seqlen+=length($0)} END {if (seqlen<=150) print seq}' your_sequence.fasta
```
这个命令会读取 `your_sequence.fasta` 中的序列,以 `>` 开头的行为分隔符,将序列分成多个段落。对于每个段落,如果它的长度小于等于 150,则输出该段落;否则跳过。最后,如果最后一个段落的长度小于等于 150,则输出该段落。
请注意,这个命令假设每个序列都以一个以 `>` 开头的行开始,并且序列中没有空行。如果您的数据有所不同,您可能需要对命令进行适当的修改。
相关问题
shell编程读取一个fasta序列,输出小于氨基酸序列小于150的序列
你可以使用下面的shell脚本来实现:
```
#!/bin/bash
while read line
do
if [[ ${line:0:1} == '>' ]]
then
if [[ ! -z $seq && $seqlen -le 150 ]]
then
echo -e "$header\n$seq"
fi
header=$line
seq=''
seqlen=0
else
seq=$seq$line
seqlen=$((seqlen+${#line}))
fi
done < your_sequence.fasta
if [[ $seqlen -le 150 ]]
then
echo -e "$header\n$seq"
fi
```
这个脚本会逐行读取 `your_sequence.fasta` 中的内容。对于每一行,如果它以 `>` 开头,则表示前面的序列已经读完,需要对前一个序列进行处理。如果前一个序列的长度小于等于 150,则输出该序列。如果当前行不是以 `>` 开头,则说明当前行是序列的一部分,将其加入 `seq` 变量中,并更新序列的长度 `seqlen`。最后,当文件读取完毕时,如果最后一个序列的长度小于等于 150,则输出该序列。
需要注意的是,这个脚本假设每个序列都以一个以 `>` 开头的行开始,并且序列中没有空行。如果您的数据有所不同,您可能需要对脚本进行适当的修改。
R如何从prodigal输出的蛋白质序列文件中获取所有蛋白质序列的长度和氨基酸组成信息
你可以使用以下 R 代码从 prodigal 输出的蛋白质序列文件中获取所有蛋白质序列的长度和氨基酸组成信息:
```R
library(seqinr)
# 读取 prodigal 输出的蛋白质序列文件
prot_file <- read.fasta("path/to/protein/file.fasta")
# 获取蛋白质序列的长度和氨基酸组成信息
prot_len_comp <- data.frame(Length = nchar(prot_file), Composition = lapply(prot_file, letterFrequency))
```
在上述代码中,我们首先使用 seqinr 包中的 read.fasta 函数读取 prodigal 输出的蛋白质序列文件,然后使用 nchar 函数获取所有蛋白质序列的长度,并使用 lapply 函数和 letterFrequency 函数获取每个蛋白质序列的氨基酸组成信息。最后,我们将蛋白质序列的长度和氨基酸组成信息存储在一个名为 prot_len_comp 的数据框中。
请注意,这里的 letterFrequency 函数是 seqinr 包中的函数,它可以计算给定序列中每种氨基酸的频率。如果你使用的是其他的氨基酸组成计算函数,你需要相应地修改上述代码。