3.统计题目1里氨基酸fasta文件中每种氨基酸的数目,并绘制条形图,要求从左到右按从高到低排列,标注横纵坐标的标签和名称,并将条带的颜色设置为 '#8DD3C7'。
时间: 2024-09-29 17:02:00 浏览: 57
为了完成这个任务,我们需要先解析氨基酸的 FASTA 文件,计算每种氨基酸的数量,然后用 Python 的 matplotlib 库绘制条形图。以下是步骤:
1. 导入所需的库:
```python
import collections
import matplotlib.pyplot as plt
from Bio import SeqIO
```
2. 读取氨基酸序列并计数:
```python
amino_acids_counts = collections.Counter()
for seq_record in SeqIO.parse('translated_protein.fasta', 'fasta'):
amino_acids_counts.update(str(seq_record.seq))
```
3. 绘制条形图:
```python
fig, ax = plt.subplots(figsize=(10, 6))
ax.bar(amino_acids_counts.keys(), amino_acids_counts.values(), color='#8DD3C7')
ax.set_xlabel('氨基酸种类')
ax.set_ylabel('数量')
ax.set_title('氨基酸频率分布')
ax.xaxis.grid(True) # 显示网格线
ax.set_axisbelow(True) # 把坐标轴刻度线下移至数据线下方,避免遮挡数据
ax.set_ylim(0, max(amino_acids_counts.values()) + 1) # 调整 y 轴范围
ax.set_xticklabels(ax.get_xticklabels(), rotation=90) # 标签旋转以便更好地查看
plt.tight_layout() # 美化图表间的间距
plt.show()
```
这将生成一个条形图,横坐标表示氨基酸,纵坐标表示其出现次数,颜色设为 '#8DD3C7'。数值从高到低排序。
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