3.统计氨基酸NC_045512_N.fasta文件中每种氨基酸的数目,并绘制条形图,要求从左到右按从高到低排列,标注横纵坐标的标签和名称,并将条带的颜色设置为 '#8DD3C7'。
时间: 2024-10-08 07:02:31 浏览: 27
filter_fasta_by_size.rar_fasta_filter 过滤脚本_按大小过滤reads
在Python中,我们可以使用生物信息学库如BioPython来处理FASTA文件并统计氨基酸的数量,然后利用matplotlib库绘制条形图。以下是步骤的一个简要概述:
首先,需要安装`biopython`库(如果未安装):
```bash
pip install biopython
```
然后,你可以编写这样的代码:
```python
from Bio import SeqIO
import matplotlib.pyplot as plt
# 读取FASTA文件
with open("NC_045512_N.fasta", "r") as file:
records = list(SeqIO.parse(file, "fasta"))
# 统计每个氨基酸的频率
amino_acids = {aa: sum(1 for r in records if aa in str(r.seq)) for aa in 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'}
# 按频率排序
sorted_amino_acids = sorted(amino_acids.items(), key=lambda x: x[1], reverse=True)
# 绘制条形图
fig, ax = plt.subplots()
x_labels, y_values = zip(*sorted_amino_acids)
ax.bar(x_labels, y_values, color='#8DD3C7')
ax.set_xlabel('氨基酸')
ax.set_ylabel('频数')
ax.set_title('氨基酸在NC_045512_N.fasta中的分布')
# 横向标签从高到低排列
ax.xaxis.tick_top()
ax.invert_yaxis()
plt.show()
```
这个脚本会统计给定FASTA文件中每个氨基酸的出现次数,并按照频率由高到低绘制条形图,横坐标表示氨基酸,纵坐标表示频数,颜色设置为'#8DD3C7'。
阅读全文