翻译这段代码################### Paf2Link function,minimap2 format paf 2 link ##################### sub Paf2Link { my $InPutFile=shift; my $MinAlnLen=shift; my $OutPreFile=shift; open (CS,"$InPutFile") || die "input file can't open $!"; open (OUTSYN,">$OutPreFile") || die "input file can't open $!"; while(<CS>) { chomp ; my @inf=split ; next if ($inf[9]<$MinAlnLen); if ($inf[4] eq "-") { print OUTSYN "$inf[0]\t$inf[2]\t$inf[3]\t$inf[5]\t$inf[8]\t$inf[7]\n"; } else { print OUTSYN "$inf[0]\t$inf[2]\t$inf[3]\t$inf[5]\t$inf[7]\t$inf[8]\n"; } } close OUTSYN; close CS; }
时间: 2024-03-18 14:44:44 浏览: 18
这是一个 Perl 脚本中的子函数 Paf2Link,用于将 minimap2 格式的 PAF 文件转换为链接文件。函数接受三个参数,分别为输入文件名、最小比对长度和输出文件名前缀。函数会打开输入文件和输出文件,并对输入文件的每一行进行处理,如果比对长度小于最小比对长度,则跳过该行;否则根据比对方向将序列名、起始位置、终止位置、比对长度、目标序列名、目标序列起始位置和目标序列终止位置写入输出文件。最后关闭输入和输出文件。
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翻译代码 ################### Coords2Link function,mummer out format 2 link ##################### sub Coords2Link { my $coords=shift; my $MinAlnLen=shift; my $syn=shift; open (CS,"$coords") || die "input file can't open $!"; open (OUTSYN,">$syn") || die "input file can't open $!"; <CS>;<CS>;<CS>;<CS>;<CS>; while(<CS>) { chomp ; my @inf=split ; next if ($inf[6]<90); next if ((abs($inf[1]-$inf[0])<$MinAlnLen) && (abs($inf[4]-$inf[3])<$MinAlnLen)); print OUTSYN "$inf[-2]\t$inf[0]\t$inf[1]\t$inf[-1]\t$inf[3]\t$inf[4]\n"; } close OUTSYN; close CS; } if($#ARGV<0) { usage ;exit(1) ; } if (($ARGV[0] eq "Paf2Link") || ($ARGV[0] eq "Paf2Syn" )) { Paf2Link($ARGV[1],$ARGV[2],$ARGV[3]); exit(0); } if (($ARGV[0] eq "Coords2Link") || ($ARGV[0] eq "Coords2Syn") ) { Coords2Link($ARGV[1],$ARGV[2],$ARGV[3]); exit(0); } my $InGenomeA; my $InGenomeB; my $help; my $OutPrefix; my $MinLenA; my $MinLenB; my $BinDir; my $MinAlnLen; my $MappingSoft="mummer"; my $NumThreads=6; my $MappingPara=""; foreach my $k (0..$#ARGV) { if ($ARGV[$k] eq "-MappingPara") { $MappingPara=$ARGV[$k+1]; splice(@ARGV,$k,2); last ; } } GetOptions( "InGenomeA:s"=>\$InGenomeA, "InGenomeB:s"=>\$InGenomeB, "OutPrefix:s"=>\$OutPrefix, "MinLenA:s"=>\$MinLenA, "MinLenB:s"=>\$MinLenB, "BinDir:s"=>\$BinDir, "MinAlnLen:s"=>\$MinAlnLen, "MinAlgLen:s"=>\$MinAlnLen, "MappingBin:s"=>\$MappingSoft, "NumThreads:s"=>\$NumThreads, "help"=>\$help, );
这是一个 Perl 代码,主要是用于将 MUMmer 输出的比对结果转化为链接格式的输出。其中包括两个子程序:Paf2Link 和 Coords2Link。Paf2Link 子程序用于将 PAF 格式的比对结果转化为链接格式的输出,Coords2Link 子程序用于将 coords 格式的比对结果转化为链接格式的输出。该代码还包括一些参数,如 InGenomeA、InGenomeB、OutPrefix、MinLenA、MinLenB、BinDir、MinAlnLen、MappingSoft、NumThreads 等。其中,“-MappingPara”是一个可选参数,用于指定映射参数。代码使用了 GetOptions 函数来处理命令行参数。
翻译代码############# new the scripts for alignments ,change format and show the alignments ############ if (($MappingSoft eq "mummer") or ($MappingSoft eq "nucmer")) { #mummer-4.0.0/bin/nucmer --mum --mincluster 500 -t 30 Ref.AAfa RefBB.fa -p OUT #mummer-4.0.0/bin/delta-filter -1 -i 90 -l 2000 OUT.delta > OUT.filter1.delta #mummer-4.0.0/bin/show-coords -c -r OUT.filter1.delta > OUT.filter1.coords if ($MappingPara eq "") {$MappingPara = "--mum --mincluster 500 ";} open (OUTSH,">$OutPrefix.mapping.sh") || die "input file can't open $!"; print OUTSH "$nucmer $MappingPara -t $NumThreads $OutPrefix.A.fa $OutPrefix.B.fa -p $OutPrefix \n"; print OUTSH "$deltaFilter -1 -i 90 -l $MinAlnLen $OutPrefix.delta > $OutPrefix.filter.delta \n"; print OUTSH "$showcoords -c -r $OutPrefix.filter.delta > $OutPrefix.filter.coords\n"; print OUTSH "perl $0 Coords2Link $OutPrefix.filter.coords $MinAlnLen $OutPrefix.link \n"; print OUTSH "$NGenomeSyn -InConf $OutPrefix.conf -OutPut $OutPrefix.svg \n"; close OUTSH; system ("sh $OutPrefix.mapping.sh "); } else { if ($MappingPara eq "") {$MappingPara = " -x asm5 "; } open (OUTSH,">$OutPrefix.mapping.sh") || die "input file can't open $!"; print OUTSH "$minimap2 $MappingPara -t $NumThreads $OutPrefix.B.fa $OutPrefix.A.fa > $OutPrefix.paf \n"; print OUTSH "perl $0 Paf2Link $OutPrefix.paf $MinAlnLen $OutPrefix.link \n"; print OUTSH "$NGenomeSyn -InConf $OutPrefix.conf -OutPut $OutPrefix.svg \n"; close OUTSH ; system ("sh $OutPrefix.mapping.sh "); } print "\tALL done, see the xxx.png . you can optimized drawing by [NGenomeSyn] software\n"; print "\t optimized: [Filter] and [Merge] small syn blocks to big syn block\n\n";
这段代码是一个 Perl 脚本,用于进行基因组比对分析。如果 MappingSoft 变量的值为 "mummer" 或 "nucmer",则执行以下步骤:调用 mummer-4.0.0/bin/nucmer 命令对两个基因组进行比对,并生成 .delta 文件;使用 mummer-4.0.0/bin/delta-filter 命令对 .delta 文件进行过滤,生成 .filter1.delta 文件;使用 mummer-4.0.0/bin/show-coords 命令对 .filter1.delta 文件进行格式转换,生成 .filter1.coords 文件;将 .filter1.coords 文件作为参数调用脚本本身($0)并传递参数 Coords2Link、$MinAlnLen、$OutPrefix.link,生成比对结果的可视化图形;最后使用 NGenomeSyn 软件对比对结果进行优化绘图,并输出 .svg 文件。
如果 MappingSoft 变量的值为其他字符串,则执行以下步骤:调用 minimap2 命令对两个基因组进行比对,并生成 .paf 文件;将 .paf 文件作为参数调用脚本本身($0)并传递参数 Paf2Link、$MinAlnLen、$OutPrefix.link,生成比对结果的可视化图形;最后使用 NGenomeSyn 软件对比对结果进行优化绘图,并输出 .svg 文件。
最后输出提示信息,告知比对分析完成,并生成了对应的可视化图形文件。同时提示用户可以使用 NGenomeSyn 软件对绘图进行优化。