能生成一道这样的计算题吗
时间: 2024-04-21 08:30:31 浏览: 120
当然可以,以下是一道示例题目:
假设有一段肽段序列为"AFGKEDLMNQ",通过质谱分析发现其分子量为1324.6 Da,但由于其可能存在磷酸化修饰,因此需要进一步鉴定。经过ECD质谱分析后,得到如下的碎片离子的相对丰度:
离子类型 | 质荷比 | 相对丰度
---|---|---
b1 | 222.1 | 0.1
b2 | 338.2 | 0.3
b3 | 425.3 | 0.5
y1 | 238.1 | 0.2
y2 | 355.2 | 0.4
y3 | 541.4 | 0.6
请问,该肽段是否存在磷酸化修饰?如果存在,确定其修饰的位置。
提示:该肽段的未修饰分子量为1157.5 Da。
解答:
首先需要计算该肽段的未修饰分子量,即去除磷酸化修饰后的分子量。根据氨基酸的分子量,可以得到该肽段的未修饰分子量为:
A:71.04, F:147.07, G:57.02, K:128.09, E:129.12, D:115.09, L:113.08, M:131.04, N:114.04, Q:128.06
未修饰肽段分子量 = 71.04 + 147.07 + 57.02 + 128.09 + 129.12 + 115.09 + 113.08 + 131.04 + 114.04 + 128.06 = 1157.5 Da
由于分子量为1324.6 Da,因此存在一个分子量增加了167.1 Da的修饰。接下来通过比较碎片离子的相对丰度来确定修饰的位置。
首先需要计算每个离子的质量,然后计算修饰前后的质量差。具体计算如下:
离子类型 | 质荷比 | 质量 | 修饰前质量 | 修饰后质量 | 质量差
---|---|---|---|---|---
b1 | 222.1 | 221.1 | 936.5 | 1103.6 | 167.1
b2 | 338.2 | 337.2 | 1094.4 | 1261.5 | 167.1
b3 | 425.3 | 424.3 | 1157.5 | 1324.6 | 167.1
y1 | 238.1 | 1086.5-238.1=848.4 | 309.1 | 476.2 | 167.1
y2 | 355.2 | 1086.5-355.2=731.3 | 493.3 | 660.4 | 167.1
y3 | 541.4 | 1086.5-541.4=545.1 | 779.5 | 946.6 | 167.1
根据上表可以发现,在b1、b2、b3、y1、y2、y3离子中,碎片离子的质量差均为167.1 Da,与肽段的分子量增加一致。因此,可以确定该肽段存在磷酸化修饰。同时,由于在b1、b2、b3离子中,修饰的质量差与肽段末端的K氨基酸的质量差一致,因此可以确定该肽段的第四个氨基酸K被磷酸化修饰。
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