rdkit lipinski模块的函数
时间: 2024-01-08 10:02:45 浏览: 36
RDKit中的Lipinski模块提供了一些函数,可以用来计算分子的Lipinski规则中的四个参数,包括分子的分子量、氢键受体数、氢键供体数和旋转键数。
1. MolWt(mol): 计算分子的分子量。
2. NumHAcceptors(mol): 计算分子中的氢键受体数。
3. NumHDonors(mol): 计算分子中的氢键供体数。
4. NumRotatableBonds(mol): 计算分子中的旋转键数。
这些函数可以通过导入rdkit.Chem.Lipinski模块来调用。例如:
```python
from rdkit.Chem import Lipinski
mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1CC(=O)NCC(=O)Nc2ccccc2')
mw = Lipinski.MolWt(mol)
ha = Lipinski.NumHAcceptors(mol)
hd = Lipinski.NumHDonors(mol)
rb = Lipinski.NumRotatableBonds(mol)
print(f"Molecular weight: {mw}")
print(f"Number of H-bond acceptors: {ha}")
print(f"Number of H-bond donors: {hd}")
print(f"Number of rotatable bonds: {rb}")
```
输出结果:
```python
Molecular weight: 312.334
Number of H-bond acceptors: 4
Number of H-bond donors: 2
Number of rotatable bonds: 7
```