使用R语言计算cox模型,导入“D:/5放射诊断/R生存分析/nafld.csv”。 文件中有列"NAFLD", "sex", "age", "CACS", "CACSgrades", "CADRADS", "Hypertension", "Diabetes", "Dyslipidemia", "smoking", "RCA", "PCATgrade", "SIS", "SSS",MACE,time。其中CACSgrades,CADRADS为等级变量。time为生存时间,事件结果为MACE(定义为1),目前求取3种model的c-index值,现对两两之间的C-INDEX值进行检验了解之间有无差异。
时间: 2023-07-06 09:39:41 浏览: 151
R语言中的生存分析:从理论到实践
好的,我会解答你的问题。
首先,我们需要安装和加载survival包,因为它包含了我们需要使用的coxph()函数和survC1()函数。
``` r
install.packages("survival")
library(survival)
```
然后,我们可以使用read.csv()函数将数据导入R中。
``` r
data <- read.csv("D:/5放射诊断/R生存分析/nafld.csv")
```
接下来,我们需要将CACSgrades和CADRADS转换为因子型变量。
``` r
data$CACSgrades <- as.factor(data$CACSgrades)
data$CADRADS <- as.factor(data$CADRADS)
```
然后,我们可以使用coxph()函数来计算三种不同的cox模型。
``` r
# Model 1:只包含基本变量
model1 <- coxph(Surv(time, MACE) ~ sex + age + NAFLD + Hypertension + Diabetes + Dyslipidemia + smoking, data = data)
# Model 2:包含基本变量和CACSgrades
model2 <- coxph(Surv(time, MACE) ~ sex + age + NAFLD + Hypertension + Diabetes + Dyslipidemia + smoking + CACSgrades, data = data)
# Model 3:包含基本变量、CACSgrades和CADRADS
model3 <- coxph(Surv(time, MACE) ~ sex + age + NAFLD + Hypertension + Diabetes + Dyslipidemia + smoking + CACSgrades + CADRADS, data = data)
```
接下来,我们可以使用survC1()函数来计算每个模型的C-INDEX值。
``` r
# 计算每个模型的C-INDEX值
cindex1 <- survC1(model1, data, time = "time", event = "MACE")
cindex2 <- survC1(model2, data, time = "time", event = "MACE")
cindex3 <- survC1(model3, data, time = "time", event = "MACE")
```
最后,我们可以使用pairwise_survdiff()函数来对两两之间的C-INDEX值进行检验,以检查它们之间是否有显著差异。
``` r
# 对两两之间的C-INDEX值进行检验
pairwise_survdiff(list("Model 1 vs Model 2" = cindex1, "Model 1 vs Model 3" = cindex2, "Model 2 vs Model 3" = cindex3))
```
希望这个回答能够帮到你!
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