怎么使用皮尔逊相关系数作为距离来kmeans聚类,请写出代码。
时间: 2024-02-29 12:52:12 浏览: 180
python中kmeans聚类实现代码
使用皮尔逊相关系数作为距离来KMeans聚类需要进行以下步骤:
1. 定义距离函数:首先需要定义一个自定义的距离函数,该函数使用Scipy库中的pearsonr()函数计算两个向量之间的皮尔逊相关系数,并将其转化为距离(距离=1-相关系数)。
2. 加载数据:加载需要进行聚类的数据,可以使用pandas库中的read_csv()函数进行加载。
3. 标准化数据:由于皮尔逊相关系数对数据的标准化要求比较高,因此需要对数据进行标准化处理,可以使用sklearn库中的StandardScaler()函数进行标准化处理。
4. 聚类:使用sklearn库中的KMeans()函数进行聚类,并将自定义的距离函数传入distance_metric参数中。
下面是使用皮尔逊相关系数作为距离来KMeans聚类的示例代码:
```python
import pandas as pd
import numpy as np
from scipy.stats import pearsonr
from sklearn.cluster import KMeans
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
# 定义皮尔逊相关系数距离函数
def pearson_distance(x, y):
corr, _ = pearsonr(x, y)
return 1 - corr
# 加载数据
data = pd.read_csv('data.csv')
# 标准化数据
scaler = StandardScaler()
data_scaled = scaler.fit_transform(data)
# 聚类
kmeans = KMeans(n_clusters=3, distance_metric=pearson_distance)
kmeans.fit(data_scaled)
# 输出聚类结果
print(kmeans.labels_)
```
在上述代码中,data.csv是需要进行聚类的数据文件,其中包含多个特征。在聚类过程中,我们将数据进行了标准化处理,然后使用KMeans算法进行聚类,并将自定义的pearson_distance()距离函数传入distance_metric参数中。最后,输出聚类结果。
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