举一个例子,用 snp(agct)形式在R语言中进行独热编码的转换,其中有10个品种,每个品种有15个snp,原始数据是个列表该怎么处理呢
时间: 2024-02-18 08:04:07 浏览: 24
golleft是一个生物信息学工具的集合,在MIT许可下以单个静态二进制文件的形式分发.zip
可以使用R语言中的reshape2和dplyr库来处理这个问题。
首先,将原始数据转换成一个数据框,其中每一行是一个品种的15个snp,可以使用reshape2库中的melt函数来实现:
```
library(reshape2)
snp_list <- list(
var1 = c("A", "T", "G", "C", "A", "A", "T", "T", "G", "G", "C", "C", "A", "G", "T"),
var2 = c("C", "G", "T", "A", "C", "C", "G", "G", "T", "T", "A", "A", "C", "T", "G"),
var3 = c("A", "T", "G", "C", "A", "A", "T", "T", "G", "G", "C", "C", "A", "G", "T"),
var4 = c("C", "G", "T", "A", "C", "C", "G", "G", "T", "T", "A", "A", "C", "T", "G"),
var5 = c("A", "T", "G", "C", "A", "A", "T", "T", "G", "G", "C", "C", "A", "G", "T"),
var6 = c("C", "G", "T", "A", "C", "C", "G", "G", "T", "T", "A", "A", "C", "T", "G"),
var7 = c("A", "T", "G", "C", "A", "A", "T", "T", "G", "G", "C", "C", "A", "G", "T"),
var8 = c("C", "G", "T", "A", "C", "C", "G", "G", "T", "T", "A", "A", "C", "T", "G"),
var9 = c("A", "T", "G", "C", "A", "A", "T", "T", "G", "G", "C", "C", "A", "G", "T"),
var10 = c("C", "G", "T", "A", "C", "C", "G", "G", "T", "T", "A", "A", "C", "T", "G")
)
snp_df <- melt(snp_list)
```
然后,将每个snp编码成独热编码,可以使用caret库中的dummyVars函数来实现:
```
library(caret)
snp_dummy <- dummyVars(~value, data = snp_df)
snp_encoded <- predict(snp_dummy, newdata = snp_df)
```
最后,将每个品种的15个snp的独热编码合并成一个向量,可以使用dplyr库中的group_by和summarise函数来实现:
```
library(dplyr)
snp_encoded %>%
group_by(variable) %>%
summarise(snp_vector = list(as.vector(unlist(.))))
```
这样就可以得到一个数据框,其中每一行是一个品种的snp编码后的独热编码向量。
阅读全文