如何利用python向TCGA提交搜索关键词并获得返回数据以及下载数据
时间: 2024-02-21 07:29:38 浏览: 18
要向TCGA提交搜索关键词并获取返回数据以及下载数据,需要使用TCGA API。以下是一些基本步骤:
1. 首先,你需要注册一个TCGA账户并获取API密钥。
2. 安装 `requests` 库,它是用于向API发送请求和接收响应的Python库。你可以使用以下命令进行安装:
```
pip install requests
```
3. 构建 API 请求URL:将API密钥和搜索关键词等参数添加到请求URL中。
4. 使用Python代码发送请求并获得响应。在响应中,你可以获取有关搜索结果的信息。
5. 如果你想下载数据,则需要使用Python代码构建下载URL,并使用`requests`库将数据下载到本地。
以下是一个基本的Python代码示例:
```python
import requests
# 构建API请求URL
api_url = "https://api.gdc.cancer.gov/files"
params = {
"query": {
"op": "and",
"content": [
{
"op": "in",
"content": {
"field": "cases.project.project_id",
"value": ["TCGA-BRCA"]
}
},
{
"op": "in",
"content": {
"field": "files.data_type",
"value": ["BAM"]
}
}
]
},
"size": 10,
"fields": "file_name,file_size"
}
headers = {"Content-Type": "application/json", "X-Auth-Token": "YOUR_API_KEY"}
# 发送API请求并获取响应
response = requests.post(api_url, json=params, headers=headers)
# 解析响应
results = response.json()["data"]["hits"]
# 下载数据
for result in results:
file_id = result["id"]
download_url = f"https://api.gdc.cancer.gov/data/{file_id}"
response = requests.get(download_url, headers=headers)
with open(result["file_name"], "wb") as f:
f.write(response.content)
```
这是一个简单的例子,其中查询的是TCGA-BRCA项目中的BAM文件,你可以根据自己的需求修改查询条件。在代码中需要替换 `YOUR_API_KEY` 为你自己的API密钥。