r语言tcga临床数据下载

要下载TCGA的临床数据，你可以使用R语言中的GDCquery_clinic函数。通过指定项目（project）和数据类型（type），你可以获取到所需的临床数据。例如，要下载TCGA-PRAD项目的临床数据，你可以使用以下代码：

cl_new <- GDCquery_clinic(project = 'TCGA-PRAD', type = 'clinical')

然后，你可以将新下载的数据与已有的临床数据进行合并，使用merge函数，并指定合并的列名（by），以及处理相同列名的后缀（suffixes）。例如：

clinical <- merge(clinical, cl_new, by = 'bcr_patient_barcode', all = T, suffixes = c('.old', '.new'))

最后，你可以根据特定的条件来筛选需要的数据并进行处理。根据你提供的代码，你可以根据时间数据和其他变量的条件来选择相关的生存信息，并将其写入CSV文件中。例如，你可以使用以下代码来处理数据并将结果写入CSV文件：

clinical$dcf_time = with(clinical,ifelse(!days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment=='',days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment,''))
clinical_filt$dcf_time = with(clinical,ifelse(!days_to_first_biochemical_recurrence=='',days_to_first_biochemical_recurrence,dcf_time))
clinical$dcf_status = ifelse(!clinical$dcf_time=='',1,0)
clinical$dcf_time = with(clinical,ifelse(dcf_time=='',os_time,dcf_time))
write.csv(clinical, file = 'clinical_with_os_dcf.csv')

以上是一个处理临床数据和导出CSV文件的示例。你可以根据你的具体需求进行相应的调整和修改。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span>
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [TCGA_临床数据下载_全面数据](https://blog.csdn.net/weixin_59289660/article/details/125861350)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"]
[ .reference_list ]