r语言tcga临床数据下载

时间: 2023-09-03 19:11:41 浏览: 80
要下载TCGA的临床数据,你可以使用R语言中的GDCquery_clinic函数。通过指定项目(project)和数据类型(type),你可以获取到所需的临床数据。例如,要下载TCGA-PRAD项目的临床数据,你可以使用以下代码: cl_new <- GDCquery_clinic(project = 'TCGA-PRAD', type = 'clinical') 然后,你可以将新下载的数据与已有的临床数据进行合并,使用merge函数,并指定合并的列名(by),以及处理相同列名的后缀(suffixes)。例如: clinical <- merge(clinical, cl_new, by = 'bcr_patient_barcode', all = T, suffixes = c('.old', '.new')) 最后,你可以根据特定的条件来筛选需要的数据并进行处理。根据你提供的代码,你可以根据时间数据和其他变量的条件来选择相关的生存信息,并将其写入CSV文件中。例如,你可以使用以下代码来处理数据并将结果写入CSV文件: clinical$dcf_time = with(clinical,ifelse(!days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment=='',days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment,'')) clinical_filt$dcf_time = with(clinical,ifelse(!days_to_first_biochemical_recurrence=='',days_to_first_biochemical_recurrence,dcf_time)) clinical$dcf_status = ifelse(!clinical$dcf_time=='',1,0) clinical$dcf_time = with(clinical,ifelse(dcf_time=='',os_time,dcf_time)) write.csv(clinical, file = 'clinical_with_os_dcf.csv') 以上是一个处理临床数据和导出CSV文件的示例。你可以根据你的具体需求进行相应的调整和修改。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [TCGA_临床数据下载_全面数据](https://blog.csdn.net/weixin_59289660/article/details/125861350)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]

相关推荐

最新推荐

recommend-type

计算机专业毕业设计范例845篇jsp2118基于Web停车场管理系统的设计与实现_Servlet_MySql演示录像.rar

博主给大家详细整理了计算机毕业设计最新项目,对项目有任何疑问(部署跟文档),都可以问博主哦~ 一、JavaWeb管理系统毕设项目【计算机毕设选题】计算机毕业设计选题,500个热门选题推荐,更多作品展示 计算机毕业设计|PHP毕业设计|JSP毕业程序设计|Android毕业设计|Python设计论文|微信小程序设计
recommend-type

Windows 10 平台 FFmpeg 开发环境搭建 博客资源

【FFmpeg】Windows 10 平台 FFmpeg 开发环境搭建 ④ ( FFmpeg 开发库内容说明 | 创建并配置 FFmpeg 项目 | 拷贝 DLL 动态库到 SysWOW64 目录 ) https://hanshuliang.blog.csdn.net/article/details/139172564 博客资源 一、FFmpeg 开发库 1、FFmpeg 开发库编译 2、FFmpeg 开发库内容说明 二、创建并配置 FFmpeg 项目 1、拷贝 dll 动态库到 C:\Windows\SysWOW64 目录 - 必须操作 特别关注 2、创建 Qt 项目 - C 语言程序 3、配置 FFmpeg 开发库 - C 语言项目 4、创建并配置 FFmpeg 开发库 - C++ 项目
recommend-type

基于 Spring Cloud 、Spring Boot、 OAuth2 的 RBAC 企业快速开发平台

基于 Spring Cloud 、Spring Boot、 OAuth2 的 RBAC 企业快速开发平台, 同时支持微服务架构和单体架构。提供对 Spring Authorization Server 生产级实践,支持多种安全授权模式。提供对常见容器化方案支持 Kubernetes、Rancher2 、Kubesphere、EDAS、SAE 支持
recommend-type

我赚100万的商业模式.pdf

我赚100万的商业模式
recommend-type

Python_编译器学习资源收集.zip

Python_编译器学习资源收集
recommend-type

zigbee-cluster-library-specification

最新的zigbee-cluster-library-specification说明文档。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

MySQL数据库性能提升秘籍:揭秘性能下降幕后真凶及解决策略

![MySQL数据库性能提升秘籍:揭秘性能下降幕后真凶及解决策略](http://xiaoyuge.work/explain-sql/index/2.png) # 1. MySQL数据库性能优化概述** MySQL数据库性能优化是一项至关重要的任务,可以显著提高应用程序的响应时间和整体用户体验。优化涉及识别和解决影响数据库性能的因素,包括硬件资源瓶颈、软件配置不当和数据库设计缺陷。通过采取适当的优化策略,可以显著提升数据库性能,满足业务需求并提高用户满意度。 # 2. MySQL数据库性能下降的幕后真凶 ### 2.1 硬件资源瓶颈 #### 2.1.1 CPU利用率过高 **症状:
recommend-type

如何在unity创建按钮

在 Unity 中创建按钮的步骤如下: 1. 在 Unity 中创建一个 UI Canvas,选择 GameObject -> UI -> Canvas。 2. 在 Canvas 中创建一个按钮,选择 GameObject -> UI -> Button。 3. 在场景视图中调整按钮的位置和大小。 4. 在 Inspector 中设置按钮的文本、颜色、字体等属性。 5. 添加按钮的响应事件,选择按钮,在 Inspector 的 On Click () 中添加相应的方法。 这样就可以创建一个按钮了,你可以在游戏中使用它来触发相应的操作。
recommend-type

JSBSim Reference Manual

JSBSim参考手册,其中包含JSBSim简介,JSBSim配置文件xml的编写语法,编程手册以及一些应用实例等。其中有部分内容还没有写完,估计有生之年很难看到完整版了,但是内容还是很有参考价值的。