请写出TCGA临床数据的下载与处理的完整R语言代码,越详细越好
时间: 2023-12-05 20:03:25 浏览: 116
TCGA临床数据提取
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好的,以下是TCGA临床数据的下载与处理的完整R语言代码:
1. 下载TCGA数据
```r
library(TCGAbiolinks)
query <- GDCquery(project = "TCGA-GBM",
data.category = "Clinical",
barcode = NULL)
GDCdownload(query)
```
2. 读取临床数据
```r
clinical_data <- GDCprepare_clinic(query)
```
3. 数据清洗
```r
# 删除NA值
clinical_data <- clinical_data[, colSums(is.na(clinical_data)) == 0]
# 删除重复列
clinical_data <- clinical_data[, !duplicated(colnames(clinical_data))]
# 选择需要的列
clinical_data <- clinical_data[, c("bcr_patient_barcode", "age_at_initial_pathologic_diagnosis", "gender", "race")]
# 调整列名
colnames(clinical_data) <- c("patient_id", "age", "sex", "race")
# 转换变量类型
clinical_data$age <- as.numeric(clinical_data$age)
clinical_data$sex <- as.factor(clinical_data$sex)
clinical_data$race <- as.factor(clinical_data$race)
```
以上就是TCGA临床数据的下载与处理的完整R语言代码,其中包括了数据下载、读取、清洗等步骤,代码中也包含了注释,希望对你有所帮助。
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