请写出TCGA中LUSC临床数据的下载与处理的完整R语言代码,提取年龄、性别、人种、生存数据,T、N、M分期、总分期数据等,越详细越好
时间: 2023-07-10 10:13:15 浏览: 238
TCGA数据下载及全流程分析(更新中)
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首先需要安装TCGA2STATS和TCGAbiolinks这两个R包,代码如下:
```
install.packages("TCGA2STATS")
install.packages("TCGAbiolinks")
```
然后加载这两个包:
```
library(TCGA2STATS)
library(TCGAbiolinks)
```
接着使用`TCGAbiolinks`包的`GDCquery_clinic`函数下载LUSC临床数据:
```
query <- GDCquery_clinic("TCGA-LUSC", type = "clinical")
GDCdownload(query)
```
下载完成后,可以使用`read.table`函数读取下载下来的`*.txt`文件:
```
clinical_data <- read.table("gdc_manifest_20210710_191201.txt", header = TRUE, sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE)
```
`clinical_data`是一个数据框,包含了所有的临床数据。可以使用`head`函数查看前几行数据:
```
head(clinical_data)
```
接下来,我们需要从临床数据中提取所需的信息。首先是年龄、性别和人种:
```
age <- clinical_data[clinical_data$project_short_name == "TCGA-LUSC", "age_at_initial_pathologic_diagnosis"]
gender <- clinical_data[clinical_data$project_short_name == "TCGA-LUSC", "gender"]
race <- clinical_data[clinical_data$project_short_name == "TCGA-LUSC", "race"]
```
其中,`age`、`gender`和`race`分别是包含所有患者的年龄、性别和人种的向量。
接下来是生存数据,我们需要使用`TCGA2STATS`包中的`TCGAanalyze_survival`函数:
```
survival_data <- TCGAanalyze_survival("TCGA-LUSC", "Overall_Survival_Time", "Vital_Status")
```
其中,第一个参数是数据集名称,第二个参数是生存时间变量名称,第三个参数是生存状态变量名称。`survival_data`是一个包含生存数据的列表。
然后是T、N、M分期和总分期数据。这些信息可以从`clinical_data`中的`tumor_stage`和`pathologic_stage`变量中提取:
```
t_stage <- clinical_data[clinical_data$project_short_name == "TCGA-LUSC", "tumor_stage"]
n_stage <- clinical_data[clinical_data$project_short_name == "TCGA-LUSC", "pathologic_N"]
m_stage <- clinical_data[clinical_data$project_short_name == "TCGA-LUSC", "pathologic_M"]
overall_stage <- clinical_data[clinical_data$project_short_name == "TCGA-LUSC", "pathologic_stage"]
```
以上就是完整的R语言代码,可以提取LUSC临床数据中的年龄、性别、人种、生存数据,T、N、M分期和总分期数据。
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