在r里读一次new_list.csv,该文件地址为/Users/imac/Desktop/new_list.csv,规定第一列为sample,第二列为fa文件旧的序列名,第三列是新的序列名,根据第一列内容每次filter出来每个样本的子集,用biostrings包的names函数为fa文件重新命名,fa文件地址为/Users/imac/Desktop/fa/JN_1901_subseq.fa
时间: 2024-01-03 11:03:33 浏览: 29
好的,你可以使用以下代码来完成你的任务:
```r
library(biostrings)
# 读取 new_list.csv 文件
new_list <- read.csv("/Users/imac/Desktop/new_list.csv", header = TRUE)
# 循环遍历每个样本
for (sample in unique(new_list$sample)) {
# 过滤出当前样本的子集
sample_list <- new_list[new_list$sample == sample, ]
# 读取当前样本的 fa 文件
fa_file <- readDNAStringSet(paste0("/Users/imac/Desktop/fa/", sample, "_subseq.fa"))
# 为 fa 文件重新命名
names(fa_file) <- sample_list$new_seq_name[match(names(fa_file), sample_list$old_seq_name)]
# 保存重命名后的 fa 文件
writeXStringSet(fa_file, file = paste0("/Users/imac/Desktop/fa/", sample, "_subseq_renamed.fa"))
}
```
上面的代码首先读取了 `new_list.csv` 文件,然后循环遍历每个样本,过滤出当前样本的子集。接着,读取当前样本的原始 fa 文件,使用 `match()` 函数将原始序列名和新的序列名对应起来,然后使用 `names()` 函数为 fa 文件重新命名。最后,将重命名后的 fa 文件保存到新的文件中。