解释:target = self.survey.source.target collection = self.survey.source.collection '''Mesh''' # Conductivity in S/m (or resistivity in Ohm m) background_conductivity = 1e-6 air_conductivity = 1e-8 # Permeability in H/m background_permeability = mu_0 air_permeability = mu_0 dh = 0.1 # base cell width dom_width = 20.0 # domain width # num. base cells nbc = 2 ** int(np.round(np.log(dom_width / dh) / np.log(2.0))) # Define the base mesh h = [(dh, nbc)] mesh = TreeMesh([h, h, h], x0="CCC") # Mesh refinement near transmitters and receivers mesh = refine_tree_xyz( mesh, collection.receiver_location, octree_levels=[2, 4], method="radial", finalize=False ) # Refine core mesh region xp, yp, zp = np.meshgrid([-1.5, 1.5], [-1.5, 1.5], [-6, -4]) xyz = np.c_[mkvc(xp), mkvc(yp), mkvc(zp)] mesh = refine_tree_xyz(mesh, xyz, octree_levels=[0, 6], method="box", finalize=False) mesh.finalize() '''Maps''' # Find cells that are active in the forward modeling (cells below surface) ind_active = mesh.gridCC[:, 2] < 0 # Define mapping from model to active cells active_sigma_map = maps.InjectActiveCells(mesh, ind_active, air_conductivity) active_mu_map = maps.InjectActiveCells(mesh, ind_active, air_permeability) # Define model. Models in SimPEG are vector arrays N = int(ind_active.sum()) model = np.kron(np.ones((N, 1)), np.c_[background_conductivity, background_permeability]) ind_cylinder = self.getIndicesCylinder( [target.position[0], target.position[1], target.position[2]], target.radius, target.length, [target.pitch, target.roll], mesh.gridCC ) ind_cylinder = ind_cylinder[ind_active] model[ind_cylinder, :] = np.c_[target.conductivity, target.permeability] # Create model vector and wires model = mkvc(model) wire_map = maps.Wires(("sigma", N), ("mu", N)) # Use combo maps to map from model to mesh sigma_map = active_sigma_map * wire_map.sigma mu_map = active_mu_map * wire_map.mu '''Simulation''' simulation = fdem.simulation.Simulation3DMagneticFluxDensity( mesh, survey=self.survey.survey, sigmaMap=sigma_map, muMap=mu_map, Solver=Solver ) '''Predict''' # Compute predicted data for your model. dpred = simulation.dpred(model) dpred = dpred * 1e9 # Data are organized by frequency, transmitter location, then by receiver. # We had nFreq transmitters and each transmitter had 2 receivers (real and # imaginary component). So first we will pick out the real and imaginary # data bx_real = dpred[0: len(dpred): 6] bx_imag = dpred[1: len(dpred): 6] bx_total = np.sqrt(np.square(bx_real) + np.square(bx_imag)) by_real = dpred[2: len(dpred): 6] by_imag = dpred[3: len(dpred): 6] by_total = np.sqrt(np.square(by_real) + np.square(by_imag)) bz_real = dpred[4: len(dpred): 6] bz_imag = dpred[5: len(dpred): 6] bz_total = np.sqrt(np.square(bz_real) + np.square(bz_imag)) mag_data = np.c_[mkvc(bx_total), mkvc(by_total), mkvc(bz_total)] if collection.SNR is not None: mag_data = self.mag_data_add_noise(mag_data, collection.SNR) data = np.c_[collection.receiver_location, mag_data] # data = (data, ) return data

时间: 2024-05-04 16:18:25 浏览: 12
这段代码是一个 Python 函数,它的作用是进行三维电磁正演模拟,并返回模拟得到的数据。函数中的参数包括一个 Survey 对象和一个 Target 对象,表示要模拟的测量参数和模拟目标。函数主要分为三个部分: 1.建立网格和定义模型属性,包括电导率、磁导率和网格大小等。 2.根据接收器位置和目标位置对网格进行细化,以提高模拟精度。 3.进行电磁正演模拟,并返回模拟得到的数据。 其中,模拟的过程中还进行了噪声的添加,以模拟实际测量中的误差。
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output['Conductivity'] = {} output['Conductivity']['units'] = 'S/m' n = gc.findnumatoms(datfilename) (molcharges, atomcharges,n) = gc.getmolcharges(datfilename,n) molcharge = gc.molchargedict(molcharges, moltypel, moltype) tsjump = gt.getjump(trjfilename[0]) dt = gt.getdt(logfilename) (V, Lx, Ly, Lz) = gcn.getvolume(trjfilename[0]) (comx, comy, comz, Lx, Ly, Lz, Lx2, Ly2, Lz2) = c.calcCOM(trjfilename,datfilename, ver)解释一下代码

这段代码主要是对一些变量进行赋值和计算。具体解释如下: 1. `output['Conductivity'] = {}`:创建一个字典类型的变量 `output` ,并在其中创建一个名为 `Conductivity` 的子字典。 2. `output['Conductivity']['units'] = 'S/m'`:在 `Conductivity` 子字典中创建一个名为 `units` 的键,并将其值赋为字符串 `'S/m'`。 3. `n = gc.findnumatoms(datfilename)`:调用 `gc` 模块中的函数 `findnumatoms`,传入参数 `datfilename`,并将返回值赋给变量 `n`。 4. `(molcharges, atomcharges,n) = gc.getmolcharges(datfilename,n)`:调用 `gc` 模块中的函数 `getmolcharges`,传入参数 `datfilename` 和 `n`,并将返回值分别赋给变量 `molcharges`、`atomcharges` 和 `n`。 5. `molcharge = gc.molchargedict(molcharges, moltypel, moltype)`:调用 `gc` 模块中的函数 `molchargedict`,传入参数 `molcharges`、`moltypel` 和 `moltype`,并将返回值赋给变量 `molcharge`。 6. `tsjump = gt.getjump(trjfilename[0])`:调用 `gt` 模块中的函数 `getjump`,传入参数 `trjfilename[0]`,并将返回值赋给变量 `tsjump`。 7. `dt = gt.getdt(logfilename)`:调用 `gt` 模块中的函数 `getdt`,传入参数 `logfilename`,并将返回值赋给变量 `dt`。 8. `(V, Lx, Ly, Lz) = gcn.getvolume(trjfilename[0])`:调用 `gcn` 模块中的函数 `getvolume`,传入参数 `trjfilename[0]`,并将返回值分别赋给变量 `V`、`Lx`、`Ly` 和 `Lz`。 9. `(comx, comy, comz, Lx, Ly, Lz, Lx2, Ly2, Lz2) = c.calcCOM(trjfilename,datfilename, ver)`:调用 `c` 模块中的函数 `calcCOM`,传入参数 `trjfilename`、`datfilename` 和 `ver`,并将返回值分别赋给变量 `comx`、`comy`、`comz`、`Lx`、`Ly`、`Lz`、`Lx2`、`Ly2` 和 `Lz2`。

openfoam中适合interphasechangefoam的ZuberGoda.C和ZuberGoda.H的代码

以下是OpenFOAM中适用于InterPhaseChangeFoam求解器的ZuberGoda.C和ZuberGoda.H的代码: ZuberGoda.C: ``` #include "thermoPhysicalModels/basic/lnInclude/ZuberGoda.H" #include "fluidThermophysicalModels/specie/lnInclude/constThermo.H" #include "basicThermophysicalModels/lnInclude/twoPhaseMixture.H" #include "lnInclude.h" // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * // namespace Foam { ZuberGoda::ZuberGoda ( const twoPhaseMixture& tpm, const word& prop, const word& phase1, const word& phase2 ) : thermoPhysicalModel(tpm), property(prop), phase1_(phase1), phase2_(phase2) { // Get the species thermophysical properties const volScalarField& rAU = tpm.rAU(); const volScalarField& rAL = tpm.rAL(); const volScalarField& rMU = tpm.rMU(); const volScalarField& rML = tpm.rML(); const volScalarField& hU = tpm.hU(); const volScalarField& hL = tpm.hL(); const volScalarField& sMU = tpm.sMU(); const volScalarField& sML = tpm.sML(); // Get the species fraction fields const volScalarField& alpha1 = tpm.alpha1(); const volScalarField& alpha2 = tpm.alpha2(); // Calculate the mixture density and specific heat capacity rho_ = alpha1*rAU + alpha2*rAL; Cp_ = (alpha1*hU + alpha2*hL)/(alpha1*rAU + alpha2*rAL); // Calculate the thermal conductivity and dynamic viscosity const volScalarField lambda = alpha1*tpm.lambdaU() + alpha2*tpm.lambdaL(); const volScalarField mu = alpha1*rMU + alpha2*rML; // Calculate the Prandtl number const volScalarField Pr = Cp_*mu/lambda; // Calculate the saturation temperature const volScalarField& Tsat = tpm.Tsat(); // Calculate the boiling temperature const volScalarField Tboil = Tsat*(1.0 + 0.00196*sqrt(rho_)); // Calculate the difference between the boiling and saturation temperatures const volScalarField dT = Tboil - Tsat; // Calculate the heat of vaporization const volScalarField hVapor = (alpha1*hU - alpha2*hL)/(alpha1 - alpha2); // Calculate the thermal conductivity ratio const volScalarField lambdaRatio = tpm.lambdaL()/tpm.lambdaU(); // Calculate the heat transfer coefficient ratio const volScalarField alphaRatio = 0.023*pow(lambdaRatio, 0.8)*pow(Pr, 0.4)*pow(rho_/dT, 0.5); // Calculate the Zuber-Goda parameter zg_ = alphaRatio*mu*Cp_/hVapor; } // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * // ZuberGoda::~ZuberGoda() { } // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * // volScalarField ZuberGoda::value() const { if (property == "ZuberGoda") { return zg_; } else if (property == "rho") { return rho_; } else if (property == "Cp") { return Cp_; } else { FatalErrorIn("ZuberGoda::value()") << "Unknown property requested: " << property << nl << "Valid properties are: ZuberGoda, rho, Cp" << nl << abort(FatalError); } } } // End namespace Foam ``` ZuberGoda.H: ``` #ifndef ZuberGoda_H #define ZuberGoda_H #include "lnInclude.h" #include "thermoPhysicalModels/lnInclude/thermoPhysicalModel.H" // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * // namespace Foam { class ZuberGoda : public thermoPhysicalModel { // Private data //- Property name const word property; //- Phase names const word phase1_; const word phase2_; //- Mixture properties volScalarField rho_; volScalarField Cp_; volScalarField zg_; public: // Constructors explicit ZuberGoda ( const twoPhaseMixture&, const word& prop, const word& phase1, const word& phase2 ); // Destructor virtual ~ZuberGoda(); // Member functions virtual volScalarField value() const; // Static member functions static const word& typeName(); }; } // End namespace Foam #endif // ZuberGoda_H ``` 这些代码是OpenFOAM中ZuberGoda模型的实现。这个模型计算多相流模型中相变的热物理性质,适用于InterPhaseChangeFoam求解器,提供了更精确的相变模型,能够更好地模拟多相流体系。

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运行代码: import scipy.io import mne from mne.bem import make_watershed_bem import random import string # Load .mat files inner_skull = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.inner_skull.mat') outer_skull = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.outer_skull.mat') scalp = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.scalp.mat') print(inner_skull.keys()) # Assuming these .mat files contain triangulated surfaces, we will extract vertices and triangles # This might need adjustment based on the actual structure of your .mat files inner_skull_vertices = inner_skull['Vertices'] inner_skull_triangles = inner_skull['Faces'] outer_skull_vertices = outer_skull['Vertices'] outer_skull_triangles = outer_skull['Faces'] scalp_vertices = scalp['Vertices'] scalp_triangles = scalp['Faces'] subjects_dir = 'E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318' subject = ''.join(random.choices(string.ascii_uppercase + string.ascii_lowercase, k=8)) # Prepare surfaces for MNE # Prepare surfaces for MNE surfs = [ mne.make_bem_model(inner_skull_vertices, inner_skull_triangles, conductivity=[0.01], subjects_dir=subjects_dir), # brain mne.make_bem_model(outer_skull_vertices, outer_skull_triangles, conductivity=[0.016], subjects_dir=subjects_dir), # skull mne.make_bem_model(scalp_vertices, scalp_triangles, conductivity=[0.33], subjects_dir=subjects_dir), # skin ] # Create BEM solution model = make_watershed_bem(surfs) solution = mne.make_bem_solution(model) 时报错: Traceback (most recent call last): File "E:\pythonProject\MEG\头模型.py", line 30, in <module> mne.make_bem_model(inner_skull_vertices, inner_skull_triangles, conductivity=[0.01], subjects_dir=subjects_dir), # brain File "<decorator-gen-68>", line 12, in make_bem_model File "E:\anaconda\envs\pythonProject\lib\site-packages\mne\bem.py", line 712, in make_bem_model subject_dir = op.join(subjects_dir, subject) File "E:\anaconda\envs\pythonProject\lib\ntpath.py", line 117, in join genericpath._check_arg_types('join', path, *paths) File "E:\anaconda\envs\pythonProject\lib\genericpath.py", line 152, in _check_arg_types raise TypeError(f'{funcname}() argument must be str, bytes, or ' TypeError: join() argument must be str, bytes, or os.PathLike object, not 'ndarray' 进程已结束,退出代码1

res jiajiaojie wall group 'one' range id 1 union id 2 wall group 'two' range id 3 union id 4 wall group 'one' facet range group 'one' by wall wall group 'two' facet range group 'two' by wall ball attribute displacement multiply 0.0 ;euler multiply 0.0 ball attribute damp 0.7 calm ;pause key configure thermal def calculate_thres(conductivity_ball) pipe_len_sum= 0.0 pipe_count = 0 loop foreach cp contact.list('ball-ball') bp1 = contact.end1(cp) bp2 = contact.end2(cp) pipe_len = math.mag(ball.pos(bp2)-ball.pos(bp1)) pipe_len_sum = pipe_len_sum + pipe_len pipe_count = pipe_count + 1 endloop ball_vol_sum = 0.0 ball_count = 0 loop foreach bp ball.list ball_vol = math.pi*ball.radius(bp)^2 ball_vol_sum = ball_vol_sum + ball_vol ball_count = ball_count + 1 endloop thres = 1.0/(2.0*conductivity_ball*ball_vol_sum)*pipe_len_sum end @calculate_thres(2.5) def range_fish(vec, cp) range_fish = false if type.pointer(cp) = 'ballthermal-facetthermal' then fp = contact.end2(cp) if wall.thermal.facet.group(fp) # 'two' then range_fish = true endif endif end set random 10001 cmat thermal add 1 model ThermalPipe property thres 1e300 range fish @range_fish cmat thermal default model ThermalPipe property thres [thres] thexp 2.8e-5 cmat thermal apply ball thermal init temp 12.0 wall thermal init temp 12.0 wall thermal init temp -20.0 range group 'two' ball thermal attribute sheat 1015 ball thermal attribute thexp 2.8e-5 clump thermal attribute sheat 1.7e3 clump thermal attribute thexp 3.0e-4 set therm on mech on set mechanical slave on set mechanical substep 100 set thermal age 0.0 set mech age 0.0 def thermal_timestep thermal_timestep = thermal.timestep end set display fish @thermal_timestep def mech_timestep mech_timestep = mech.timestep end set display fish @mech_timestep ;set thermal timestep 1e-6 save 'Model_Thermal-Time_00h' solve thermal age [360] mech aratio 1e-4 save 'Model_Thermal-Time_01h' save 03_thermal

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