如何将表格中的多个特征向量加入到smiles指纹模型训练中,请举例说明
时间: 2024-05-10 20:21:34 浏览: 183
利用rdkit将smiles转化为原子坐标键数据,并用正则表达式将数据提取
将表格中的多个特征向量加入到smiles指纹模型训练中,可以通过以下步骤实现:
1. 将表格中的多个特征向量与SMILES字符串对应起来,例如:
| SMILES | Feature1 | Feature2 |
|--------|----------|----------|
| CC(C)O | 0.5 | 0.8 |
| CCCC | 0.1 | 0.6 |
| CC(C)C | 0.3 | 0.9 |
2. 将SMILES字符串转换为指纹向量,例如使用RDKit库将SMILES字符串转换为Morgan指纹向量:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
def get_morgan_fingerprint(smiles):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, 2, nBits=1024)
return fp
```
3. 将每个SMILES字符串对应的指纹向量与表格中的特征向量合并,例如将Morgan指纹向量与Feature1和Feature2合并:
| SMILES | Feature1 | Feature2 | Morgan fingerprint |
|--------|----------|----------|--------------------|
| CC(C)O | 0.5 | 0.8 | [0, 0, 1, 0, ...] |
| CCCC | 0.1 | 0.6 | [1, 0, 0, 1, ...] |
| CC(C)C | 0.3 | 0.9 | [0, 1, 0, 0, ...] |
4. 将合并后的特征向量作为输入数据,将分子属性作为输出数据,使用机器学习算法进行模型训练,例如使用支持向量机(SVM)算法:
```python
from sklearn import svm
import numpy as np
# 构造输入数据和输出数据
X = np.array(df[['Feature1', 'Feature2', 'Morgan fingerprint']])
y = np.array(df['Property'])
# 将数据集分为训练集和测试集
from sklearn.model_selection import train_test_split
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2, random_state=42)
# 训练模型
clf = svm.SVC(kernel='linear')
clf.fit(X_train, y_train)
# 预测测试集的结果
y_pred = clf.predict(X_test)
```
通过以上步骤,就可以将表格中的多个特征向量加入到smiles指纹模型训练中,实现更准确的分子属性预测。
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