nib.save(nib.Nifti1Image(warped_x2y, None, None), os.path.join(fp, '%s_warped_x2y.nii.gz' % (str(sub_idx).zfill(3))))保存的时候如何设置spacing
时间: 2024-10-16 10:18:46 浏览: 41
在使用nibabel库保存`Nifti1Image`对象时,你可以通过设置`header`属性的`pixdim`字段来指定空间分辨率(也就是通常所说的"spacing")。`pixdim`是一个包含六元素的一维数组,其中前三个元素代表x、y和z方向的空间大小,单位通常是毫米。例如,如果你想要保存的数据间隔为1mm,在`Nifti1Image`创建时可以这样做:
```python
from nibabel import Nifti1Image
# 假设warped_x2y是一个numpy数组,fp是文件路径,sub_idx是子样本编号
header = Nifti1Header()
header.set_qform(None, code=1) # 设置笛卡尔坐标系统(如果需要)
header.set_sform(None, code=1) # 设置笛卡尔空间对应(如果需要)
# 指定像素尺寸为1mm
header.pixdim[0] = header.pixdim[1] = header.pixdim[2] = 1.0
nifti_image = Nifti1Image(warped_x2y, None, header)
nib.save(nifti_image, os.path.join(fp, f'{str(sub_idx).zfill(3)}_warped_x2y.nii.gz'))
```
在这个例子中,`None`表示将使用默认值,如果不设置的话,`nibabel`会尝试从数据本身推断出空间信息。如果你有特定的间距需求,记得相应地调整`pixdim`值。
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