for it, im in tqdm(enumerate(metadata[smc_mask].Path.values), total=smc_mask.sum(), desc='Reading MRI to memory'): mx = nib.load(im).get_data().max(axis=0).max(axis=0).max(axis=0) data[it, 0, :, :, :] = np.array(nib.load(im).get_data()) / mx

时间: 2023-12-06 13:39:57 浏览: 145
这段代码是在使用tqdm库中的enumerate方法遍历metadata中的smc_mask路径,然后读取MRI数据到内存中,并将其归一化到0-1范围内。具体来说,对于每个路径,它首先通过nib.load方法读取MRI数据,然后通过max(axis=0).max(axis=0).max(axis=0)方法找到数据中最大的值,并将其作为归一化分母mx。最后,将MRI数据除以mx并保存在data数组中。这段代码的目的是为了将MRI数据加载到内存中,以便后续的处理和分析。
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df =pd.read_excel("D:\HBVdata\HBV_P.xlsx") smile_list =df['Smiles'].tolist() mols =[Chem.MolFromSmiles(smile) for smile in smile_list] fingerprints =[Chem.RDKFingerprint(mol) for mol in mols] dg =pd.read_csv("D:\HBVdata\hbvfrag_recap_delete_duplicate.csv") smi_list =dg['mol'].tolist() submols =[Chem.MolFromSmarts(smi) for smi in smi_list] count_dict = {} for submol_idx, submol in enumerate(submols): count = 0 for mol in mols: if mol.HasSubstructMatch(submol): count += 1 smi = smi_list[submol_idx] count_dict[smi] = count counts =[count_dict.values()] total_count =sum(count_dict.values()) freq =[num / total_count for num in counts]针对这段代码分别将列表的值除以其总和

以下是代码实现: ```python counts = list(count_dict.values()) total_count = sum(counts) freq = [num / total_count for num in counts] ``` 这里首先将字典中的值(即出现次数)提取出来,存储在列表 `counts` 中。然后使用 `sum()` 函数计算出列表中所有元素的总和。接着,使用列表推导式将列表中每个元素除以总和,得到频率列表 `freq`。

def evaluate(self, datloader_Test): Image_Feature_ALL = [] Image_Name = [] Sketch_Feature_ALL = [] Sketch_Name = [] start_time = time.time() self.eval() for i_batch, sanpled_batch in enumerate(datloader_Test): sketch_feature, positive_feature= self.test_forward(sanpled_batch) Sketch_Feature_ALL.extend(sketch_feature) Sketch_Name.extend(sanpled_batch['sketch_path']) for i_num, positive_name in enumerate(sanpled_batch['positive_path']): if positive_name not in Image_Name: Image_Name.append(sanpled_batch['positive_path'][i_num]) Image_Feature_ALL.append(positive_feature[i_num]) rank = torch.zeros(len(Sketch_Name)) Image_Feature_ALL = torch.stack(Image_Feature_ALL) for num, sketch_feature in enumerate(Sketch_Feature_ALL): s_name = Sketch_Name[num] sketch_query_name = '_'.join(s_name.split('/')[-1].split('_')[:-1]) position_query = Image_Name.index(sketch_query_name) distance = F.pairwise_distance(sketch_feature.unsqueeze(0), Image_Feature_ALL) target_distance = F.pairwise_distance(sketch_feature.unsqueeze(0), Image_Feature_ALL[position_query].unsqueeze(0)) rank[num] = distance.le(target_distance).sum() top1 = rank.le(1).sum().numpy() / rank.shape[0] top10 = rank.le(10).sum().numpy() / rank.shape[0] print('Time to EValuate:{}'.format(time.time() - start_time)) return top1, top10

这段代码是一个evaluate函数,用于评估模型在测试数据集上的性能。函数接受一个datloader_Test参数,该参数是一个数据加载器,用于加载测试数据集。 函数首先初始化一些变量,包括用于存储图像特征、图像名称、素描特征和素描名称的列表。然后,函数将模型设置为评估模式。 接下来,函数遍历测试数据集中的每个批次。对于每个批次,函数调用test_forward方法获取素描特征和正样本特征,并将它们分别添加到相应的列表中。同时,函数还将正样本的路径添加到图像名称列表中。 然后,函数遍历所有的素描特征,并根据素描路径推断出对应的正样本路径,并在图像名称列表中查找该路径所对应的索引。然后,函数使用F.pairwise_distance计算素描特征与所有正样本特征之间的距离,并使用F.pairwise_distance计算素描特征与对应正样本特征之间的距离。 接下来,函数计算每个素描与所有正样本之间的排序值,并统计排名在前1和前10的比例。 最后,函数打印评估时间,并返回top1和top10的比例。 请注意,这只是代码的一个简单解释,具体实现可能还涉及其他细节。
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解释代码:def main(args): obj_names = np.loadtxt(args.obj_file, dtype=str) N_map = np.load(args.N_map_file) mask = cv2.imread(args.mask_file, 0) N = N_map[mask > 0] L = np.loadtxt(args.L_file) if args.stokes_file is None: stokes = np.tile(np.array([[1, 0, 0, 0]]), (len(L), 1)) else: stokes = np.loadtxt(args.stokes_file) v = np.array([0., 0., 1.], dtype=float) H = (L + v) / np.linalg.norm(L + v, axis=1, keepdims=True) theta_d = np.arccos(np.sum(L * H, axis=1)) norm = np.linalg.norm(L - H, axis=1, keepdims=True) norm[norm == 0] = 1 Q = (L - H) / norm for i_obj, obj_name in enumerate(obj_names[args.obj_range[0]:args.obj_range[1]]): print('===== {} - {} start ====='.format(i_obj, obj_name)) obj_name = str(obj_name) pbrdf = PBRDF(os.path.join(args.pbrdf_dir, obj_name + 'matlab', obj_name + 'pbrdf.mat')) ret = Parallel(n_jobs=args.n_jobs, verbose=5, prefer='threads')([delayed(render)(i, pbrdf, n, L, stokes, H, theta_d, Q) for i, n in enumerate(N)]) ret.sort(key=lambda x: x[0]) M = np.array([x[1] for x in ret], dtype=float) if args.save_type != 'raw': M = M / M.max() pimgs = np.zeros((len(L), 4) + N_map.shape) pimgs[:, :, mask > 0] = M.transpose(2, 1, 0, 3) out_path = os.path.join(args.out_dir, obj_name) makedirs(out_path) print('Saving images...') fnames = [] for i, imgs in enumerate(tqdm(pimgs)): if args.save_type == 'npy' or args.save_type == 'raw': for img, pangle in zip(imgs, pangles): fname = '{:03d}{:03d}.npy'.format(i + 1, pangle) fnames.append(fname) np.save(os.path.join(out_path, fname), img) elif args.save_type == 'png': for img, pangle in zip(imgs, pangles): fname = '{:03d}{:03d}.png'.format(i + 1, pangle) fnames.append(fname) img = img * np.iinfo(np.uint16).max img = img[..., ::-1] cv2.imwrite(os.path.join(out_path, fname), img.astype(np.uint16)) np.save(os.path.join(out_path, 'normal_gt.npy'), N_map) shutil.copyfile(args.mask_file, os.path.join(out_path, 'mask.png')) shutil.copyfile(args.L_file, os.path.join(out_path, 'light_directions.txt')) print('===== {} - {} done ====='.format(i_obj, obj_name))

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