minney@ubuntu:~/Study$ psiblast BLAST query/options error: Either a BLAST database or subject sequence(s) must be specified 这个是什么问题
时间: 2024-09-26 07:09:21 浏览: 47
john-minney-iii.github.io:个人GitHub页面
这个错误提示说明你在运行PSI-BLAST(Position-Specific Iterated BLAST)命令时缺少必要的参数。PSI-BLAST通常用于搜索蛋白质数据库,它需要一个BLAST数据库作为输入,以及你可以查询的目标序列(可能是数据库中的已知序列或用户提供的自定义序列)。在这个命令行`minney@ubuntu:~/Study$ psiblast`中,既没有指定数据库路径,也没有提供查询序列文件。为了解决这个问题,你需要确认是否有合适的数据库已经存在,并且正确地指定了其中一个选项:
1. 如果你想从数据库中搜索,你需要指定数据库的位置,例如:
```
psiblast -db /path/to/your/database -query your_sequence.fasta
```
或者如果你有多个数据库,可以使用 `-subject_dir`。
2. 如果你想直接查询一个或多个本地序列文件,也需要提供文件名:
```
psiblast -query your_sequence.fasta
```
记得检查并替换上述命令中的路径和文件名。如果序列在远程服务器上,你可能还需要设置额外的网络参数。如果没有提供适当的参数,PSI-BLAST会无法继续执行。
阅读全文