个性化解读：SNP rs662在PON1基因中的变异及其频率分析

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本文档"snp_result.txt"主要关注的是单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)在人类基因组中的分析，特别是rs662位点的变化。SNP是基因组中最常见的遗传变异形式，指单个核苷酸（A、T、C或G）在不同个体间发生的差异。在这个特定的实例中，rs662位于7号染色体（Chromosome 7）上，位置分别为GRCh38的95,308,134bp和GRCh37的94,937,446bp，对应于PON1基因编码序列。 该变异表现为T变为了A、C或G，这意味着它属于编码序列变异（coding_sequence_variant），可能导致蛋白质序列的改变，进而可能影响蛋白质功能，即为一个错义变异（missense_variant）。这种类型的变异通常与疾病风险因素或某些特征有关，如文中提到的临床意义为risk-factor和association。 文档详细列出了rs662在多个全球人群研究中的频率，包括1000Genomes Project、ALSPAC、Daghestan、Estonian等，这些数据提供了关于这个SNP在不同人群中的普遍性和可能的遗传模式。例如，T（突变型）的频率在许多研究中超过40%，而C（野生型）的频率则在30%左右，这表明该变异在人群中较为常见。 值得注意的是，该SNP已经通过多种验证方法，如频率验证（byfrequency）、Alfa数据库（byalfa）以及群体聚集分析（bycluster）来确认其真实性。此外，还提供了HGVS（Human Genome Variation Society）注释，展示了在不同版本的参考基因组中的具体位置。 总结来说，"snp_result.txt"是一篇实用的Linux技术文章，重点讨论了rs662位点的SNP在遗传学上的重要性，其在基因功能、临床影响以及在全球人群中的分布情况，这对于理解遗传多样性、疾病易感性和遗传研究具有重要意义。对于从事生物信息学、遗传学或者Linux下基因数据分析的人员来说，这份资料是一个很好的学习和参考资源。

snp_1105.lsf

2024-08-29 上传
snp_1105.lsf

snpe-1.13.0.zip_ffmpeg-php-5.4_ffmpeg.dll_libSNPE_snp_snpe

2022-09-24 上传
1.下载ffmpeg-php扩展包和ffmpeg.exe（刚开始我以为不需要这个，本地windows测试缺一不可），解压后有以下文件 avcodec-51.dll avformat-51.dll avutil-49.dll ... pthreadGC2.dll 2. 将四个文件拷贝到windows/...

snp_result.tab

2020-08-28 上传
个人博文sed & awk之sed实战 (https://blog.csdn.net/zheyepianzhou/article/details/108283625) 结果实例

data_dir='/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17' for file1 in ${data_dir}/*.fasta; do for file2 in ${data_dir}/*.fasta; do if [ "$file1" != "$file2" ]; then touch snp_indel.end.sh && cat snp_indel.end.sh && \ export PATH=/public/work/Personal/pangshuai/software/conda/miniconda3/bin/:${PATH} && \ nucmer --mum -t 8 -g 1000 -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer $file1 $file2 && \ delta-filter -1 -l 200 ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter && \ dnadiff -d ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer && \ show-coords -rcloT ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.coords && \ show-coords -THrd ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.syri.coords && \ show-snps -ClrTH ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp && \ show-diff ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.inv && \ perl /public/work/Pipline/Structural_Variation/pipeline/2.1.1/bin/filter_the_MUmmer_SNP_file.pl ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.SNPs ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Insertions ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Deletions 10000000 && \ touch snp_indel.end.tmp && \ mv snp_indel.end.tmp snp_indel.end && \ sleep 10 fi done done ,增加一个判断，使/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17路径下以.fasta结尾的文件两两一组不分前后只组合一次，然后再执行touch 后面的代码

2023-06-03 上传
based.nucmer.delta.filter.snp.Insertions ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Deletions 10000000 && \ touch snp_indel.end.tmp && \ mv snp_indel.end.tmp snp_indel.end && \ ...

上述仍然报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz --output-log hwe_pashing.log --thread 8 Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to'

2023-06-12 上传
shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_...

报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output-phasing hwe_pashing --output-log hwe_pashing.log Phaser mode : unrecognised option '--output-phasing'

2023-06-12 上传
shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_...

snp150_hg38.txt.gz

2024-01-05 上传
snp150_hg38.txt.gz是一个压缩文件，其中包含了关于人类基因组的单核苷酸多态性（SNP）数据。该文件包含了对人类基因组中不同位置上的SNP进行了鉴定和注释的信息，使用hg38人类基因组版本的坐标。这些数据对于研究...

[vite] error while updating dependencies: Error: ENOENT: no such file or directory, rename '/Users/ligang/Documents/project/snp/snp_fe/node_modules/.vite/deps_temp' -> '/Users/ligang/Documents/project/snp/snp_fe/node_modules/.vite/deps' at renameSync (node:fs:980:3) at Object.commit (file:///Users/ligang/Documents/project/snp/snp_fe/node_modules/vite/dist/node/chunks/dep-0bae2027.js:42696:19) at runMicrotasks (<anonymous>) at processTicksAndRejections (node:internal/process/task_queues:96:5) at async commitProcessing (file:///Users/ligang/Documents/project/snp/snp_fe/node_modules/vite/dist/node/chunks/dep-0bae2027.js:42170:17) at async runOptimizer (file:///Users/ligang/Documents/project/snp/snp_fe/node_modules/vite/dist/node/chunks/dep-0bae2027.js:42208:17)

2023-07-20 上传
这个错误是由于在更新依赖时，vite 发现无法找到或重命名 '/Users/ligang/Documents/project/snp/snp_fe/node_modules/.vite/deps_temp' 文件夹为 '/Users/ligang/Documents/project/snp/snp_fe/node_modules/.vite/...

Error in model.matrix(~factor(snp_data$variety) + 0) %*% t(model.matrix(~factor(snp_data$snp) + : non-conformable arguments

2023-05-30 上传
可以使用`unique(snp_data$variety)`和`unique(snp_data$snp)`函数检查品种名称和snp数据的唯一值。 3. 确认`snp_data`数据框中的snp数据是否为数值型。可以使用`class(snp_data$snp)`函数检查snp数据的类型是否为...

annotate_variation.pl 根据snpid 获取基因信息，给个例子，解释一下参数的用法

2023-03-31 上传
An example of using annotate_variation.pl to retrieve gene information based on SNP ID is as follows: ``` ./annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar avsnp147 humandb/ ./annotate_...
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