江西篇章这些等位基因和表型的复杂性可以混淆疾病实体的基因
问题的区别,在某些情况下,导致多个明显不同的条件归因于同
一基因,从而从根本上复杂的条件命名和评估的基础证据。
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临床 基 因 组 资 源 ( ClinGen)联 盟 由 美 国 国 立 卫生研 究 院
(NIH)建立,以定义用于精密医学的基因和变体的临床相关性
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为了实现这一目标,ClinGen建立了框架,通过该框架可以系统
地评价证据,以定义基因-疾病关系的临床有效性、
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变异致病性
( https://clinicalgenome.org/working-groups/sequence-variant-
interpretation/)和临床可操作性。
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定义要策划的疾病实体对于
证据收集、评估和最终分类的评分规则在这个过程中固有的一个
重大挑战是如何接近基因与多种疾病的关系断言或广泛的表型
谱。管理者可能会问,单个基因的两个或多个基因-疾病关系是
否反映了相同条件下的可变表达性,或者一个先前描述的实体是
否实际上代表了由同一基因中不同类型的变异引起的两个或多个
因此,在进行任何评估之前,必须确定何时合并或拆分。过度分
割以评估在具有给定基因中的变体的个体中观察到的所有断言的
表型特征可能导致无法反映疾病实体的总体性质
的无限的
相比之
下,将给定基因的所有基因型-表型观察结果集中到一个广泛的
疾病实体中可能无法识别分子机制的复杂性,并且产生的分类既
不足以用于临床决策制定,也不能代表疾病实体中的真实以标准
化的、可重复的和完全来源的方式定义基因-疾病关系值得注意
的是,罕见遗传病的定义往往在不同来源之间存在差异,
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这可
能导致对基因和变异的临床相关性的解释不一致。
为了帮助定义最适合评估给定基因的疾病实体,ClinGen与在
线男性遗传学(OMIM)和Monarch倡议合作,制定了关于单基
因疾病实体定义的指南就命名(或至少定义)疾病实体的一致系
统达成一致,尽管具有挑战性,但将最终促进这些实体的本体分
组,从而加强对具有潜在遗传成分的疾病的科学发现和理解。
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,
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这种集中和分裂的关注并不是为了削弱医生在临床诊断中的
作用当然,疾病命名法必须随着更多证据的积累而继续发展,我
们预计,合并和分裂的过程将继续进行。在此,我们概述了我们
的一般原则、标准和流程,这些原则、标准和流程旨在帮助临床
领域专家和策展人定义最适合用于各种评估框架的疾病实体
结果
ClinGen组织了基因治疗专家小组(GCEP),以审查属于特定
临床子域的基因这些组通常关注可能代表孤立疾病实体或一组相
关疾病的临床表型;可以观察到综合征和非综合征表现;或可能由
单基因或多因素原因引起。总的来说,我们的分析表明,一些专
家组倾向于根据当前基因检测实践(为某些临床适应症提供的基
因组)驱动的感兴趣的表型特征来分割基因治疗,而不是为更广
泛的主要疾病实体进行合并和治疗(示例见表1)。虽然了解支
持与特定感兴趣表型特征相关性的证据水平可能会提供信息,但
文献中对新颖性的自然偏见、来自狭义专业期刊的文章中经常缺
乏完整病史以及难以从大量受影响个体中获得纵向数据可能会导
致归因于此类基因-表型特征关系的这对于与构成综合征的多个
表型特征相关的基因尤其重要,其中基于单个表型特征的这在
MEN1和MENAB基因的结果中得到了例证,其中相关表型特征
的分裂导致较低水平的临床有效性分类,这并不能真实反映支持
更广泛疾病实体的可用证据(详细解释见补充材料这种差异可能
导致包括临床社区在内的各种利益相关者之间的混乱。
总之,这些发现指导了我们的一般原则的发展:基因应该针对
单一条件(即,集总的),除非有明确的迹象表明将疾病分为单
独的实体,以治疗基因-疾病有效性和变异致病性。希望更好地
定义综合征个体特征的谱和频率的
集总和拆分标准
我们确定了四个不同的标准,当策展人第一次开始定义要评估的
基因-疾病实体时,应该考虑这些标准(图1)。
断言
第一个标准是询问该基因是否已经被认为涉及一种以上的疾病实
体和/ 或被疾病分类学( 例如 ,OMIM,Orphanet)和 本体论
(例如,君主倡议)当局。策展人应将这些资源作为评估任何给
定基因的当前断言的起点,然后将权威性评论和主要文献作为评
估该领域专家的任何新断言的次要措施如果多个断言或命名条件
已经与基因相关联,则管理员必须继续进行后续步骤以决定