ICGC数据库使用教程：数据下载详解

"ICGC数据库使用教程.pdf" ICGC（国际癌症基因组联盟）是一个全球性的科研合作组织，自2008年起致力于大规模癌症基因组的研究，目标是揭示50种不同癌症类型和亚型的致癌突变，理解突变的影响，识别临床相关的癌症亚型，以及为新的癌症治疗方法提供基础。它整合了来自癌症基因组图谱（TCGA）和其他17个地区89个项目的超过25000个癌症基因组数据。 ICGC Data Portal是访问和下载这些公共数据的主要入口，但请注意，这个门户在2019年11月26日后停止接受新数据的提交。对于Data Portal，有五个主要部分： 1. Cancer Projects 提供项目概述。 2. Advanced Search 允许用户按特定条件进行高级搜索。 3. Data Analysis 提供在线分析工具。 4. DCC Data Releases 是数据下载的途径。 5. Data Repositories 存储ICGC的数据。 在使用ICGC Data Portal时，研究者可以通过输入基因符号、突变位点和项目信息来检索数据。Data Release 28是教程中提到的最新版本，但请注意，此后的新数据可能已存储在ARGO Data Platform中，这是一个需要权限申请的新平台。 在进行ICGC数据的科学研究时，应当引用ICGC的相关文献以符合学术规范。例如，PCAWG（Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes）是ICGC团队进行的泛癌全基因组分析项目，而通过云端服务器则可以进行ICGC数据的远程分析。 此教程特别指出，个人无法获取ICGC ARGO Data Platform的数据，这需要通过机构申请并经过审核。因此，对于想要访问这部分数据的研究者，需要了解和遵循相应的申请流程。ICGC数据库是癌症研究的重要资源，提供了丰富的癌症基因组信息，对于理解癌症机制和开发新疗法具有深远意义。