DAVID,全称为The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery,是一个专为生物信息学研究设计的强大工具,主要用于大规模基因或蛋白列表的生物功能注释和分析。它提供了一种系统性的方法,将用户输入的基因列表与生物学注释术语关联起来,并通过统计学方法识别最相关的生物学过程、细胞成分和分子功能。
DAVID的特点在于其功能的全面性和准确性。它不仅支持GO (Gene Ontology) 和 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 的富集分析,帮助用户理解基因在生物学途径中的作用,还能够进行ID转换,方便用户在不同的数据库之间进行数据迁移。此外,用户可以利用DAVID的批量搜索功能,快速检索特定基因的文献,例如在PUBMED数据库中搜索与CASP1-10等分子相关的研究。
在使用DAVID进行分析时,用户需要按照步骤操作。首先,选择“GeneList”来执行GO/KEGG富集分析,如果需要提供背景信息,可以选择“Background”。以CASP家族分子为例,提交基因列表后,系统会返回相关生物学富集的结果。在实际操作中,可以通过输入文献ID如"19269008"查询相关研究,以辅助深入理解基因功能。
本文提供了一个具体的应用实例,展示了如何在《Frontiers in Endocrinology》2019年的一篇文章中,结合DAVID数据库和Excel工具进行发表级别的富集分析图表的制作。文章引用的数据库应用涉及到的详细代码和数据可在解螺旋生信体系课的下篇段位三模块中找到,特别是非肿瘤生信套路的解析。研究者使用的基因列表存储在名为all_signi_result.tsv的文本文件中,通过Excel可以直接查看。
DAVID数据库是生物信息学研究中不可或缺的工具,它简化了大规模基因数据分析的过程,使得研究人员能够更有效地理解基因的功能和相互作用,尤其是在功能注释、文献检索以及数据可视化方面。