对PET的nii图像进行插值代码
时间: 2023-10-04 13:03:17 浏览: 68
以下是使用 Python 和 SimpleITK 库实现的对 PET 的 nii 图像进行插值的代码:
```python
import SimpleITK as sitk
def interpolate_pet_nii_image(nii_image_path, new_spacing):
"""
对 PET 的 nii 图像进行插值
:param nii_image_path: 原始 PET 的 nii 图像路径
:param new_spacing: 插值后图像的像素间距,可以是一个 float 表示插值后图像的像素间距相同,
也可以是一个 tuple 表示插值后图像的像素间距分别为 tuple 中的两个值
:return: 插值后的 PET 的 nii 图像
"""
# 读取原始 PET 的 nii 图像
image = sitk.ReadImage(nii_image_path)
if isinstance(new_spacing, float):
new_spacing = [new_spacing] * image.GetDimension()
else:
new_spacing = list(new_spacing)
# 计算插值后图像的大小
old_spacing = image.GetSpacing()
old_size = image.GetSize()
new_size = [int(round(old_size[i] * old_spacing[i] / new_spacing[i])) for i in range(image.GetDimension())]
# 使用 SimpleITK 库进行插值
interpolator = sitk.sitkBSpline if image.GetDimension() == 3 else sitk.sitkLinear
resampler = sitk.ResampleImageFilter()
resampler.SetInterpolator(interpolator())
resampler.SetOutputSpacing(new_spacing)
resampler.SetSize(new_size)
resampler.SetOutputOrigin(image.GetOrigin())
resampler.SetOutputDirection(image.GetDirection())
resampler.SetDefaultPixelValue(image.GetPixelIDValue())
resampled_image = resampler.Execute(image)
return resampled_image
```
在上面的代码中,`interpolate_pet_nii_image` 函数接收 PET 的 nii 图像路径和插值后图像的像素间距,使用 SimpleITK 库进行插值,并返回插值后的 PET 的 nii 图像。
使用该函数,我们可以对 PET 的 nii 图像进行插值:
```python
# 对 PET 的 nii 图像进行插值,得到一个插值后像素间距为 [1.5, 1.5, 3] 的新图像
resampled_image = interpolate_pet_nii_image('pet.nii', (1.5, 1.5, 3))
```
其中,`resampled_image` 是插值后的 PET 的 nii 图像。注意,在使用 SimpleITK 库进行插值时,需要根据图像的维度选择插值方法,3D 的图像使用 B 样条插值(sitkBSpline),2D 的图像使用线性插值(sitkLinear)。
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