对PET的nii图像进行插值成256×256×256并保存代码
时间: 2024-01-12 17:05:10 浏览: 93
LabelMe之json转nii
好的,以下是对PET的nii图像进行插值成256×256×256并保存的Python代码示例:
```python
import nibabel as nib
import numpy as np
# 读取原始的nii文件
img = nib.load('original.nii')
data = img.get_fdata()
# 获取原始数据的形状和分辨率
original_shape = data.shape
original_spacing = img.header.get_zooms()
# 计算插值后的分辨率和形状
new_spacing = tuple([x*y/z for x,y,z in zip(original_spacing, original_shape, (256,256,256))])
new_shape = tuple([int(np.round(x*y/z)) for x,y,z in zip(original_shape, original_spacing, new_spacing)])
# 进行插值
new_data = np.zeros(new_shape)
for i in range(new_shape[0]):
slice_2d = data[:, :, int(i/original_shape[0]*new_shape[0])]
slice_2d_resized = cv2.resize(slice_2d, (new_shape[1], new_shape[2]), interpolation=cv2.INTER_LINEAR)
new_data[i,:,:] = slice_2d_resized
# 保存插值后的nii文件
new_img = nib.Nifti1Image(new_data, img.affine)
nib.save(new_img, 'interpolated.nii')
```
解释一下代码的逻辑:
1. 首先使用nibabel库读取原始的nii文件,并获取原始数据的形状和分辨率。
2. 计算插值后的分辨率和形状,这里使用了双线性插值算法。
3. 对原始数据进行插值,得到插值后的数据。
4. 用插值后的数据创建一个新的nii文件,并保存到硬盘上。
注意:为了能够运行这段代码,你需要安装nibabel库和numpy库。另外,这里使用了cv2库中的resize函数进行插值,因此也需要安装opencv-python库。
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