计算PET脑nii图像分割白质的Dice系数代码
时间: 2023-05-30 12:02:36 浏览: 141
计算图像分割指标 代码
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以下是计算PET脑nii图像分割白质的Dice系数代码:
```python
import nibabel as nib
import numpy as np
# Load PET image and segmentation mask
pet_img = nib.load('pet.nii')
seg_mask = nib.load('seg_mask.nii')
# Get the data arrays
pet_data = pet_img.get_fdata()
seg_data = seg_mask.get_fdata()
# Flatten the arrays to 1D
pet_flat = pet_data.flatten()
seg_flat = seg_data.flatten()
# Calculate the Dice coefficient
intersection = np.sum(pet_flat * seg_flat)
dice_coef = (2. * intersection) / (np.sum(pet_flat) + np.sum(seg_flat))
print('Dice coefficient:', dice_coef)
```
其中,`pet.nii`是PET图像文件,`seg_mask.nii`是分割后的白质掩模文件。该代码将PET图像和掩模文件加载到内存中,然后将它们压平为1D数组,最后计算Dice系数并打印结果。
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