ANNOVAR 怎么使用snplist中的snpid 获取基因位置信息

可以按照以下步骤使用 ANNOVAR 获取基因位置信息：

1. 将 snplist 中的 snpid 列提取出来，保存为一个文本文件，例如 snpid.txt。

2. 使用 ANNOVAR 的 annotate_variation.pl 脚本进行注释，命令如下：

   annotate_variation.pl -downdb -buildver hg19 -webfrom annovar snp138 snp138_downdb/

这个命令会下载 snp138 数据库，建议选择与你的数据一致的版本号，并保存在 snp138_downdb/ 目录下。

3. 对 snpid.txt 文件进行注释，命令如下：

   annotate_variation.pl -buildver hg19 -dbtype snp138 snpid.txt snp138_downdb/ -out output

这个命令会将 snpid.txt 文件中的 snpid 注释为基因位置信息，并将结果保存在 output.avinput 和 output.log 文件中。

4. 查看 output.avinput 文件，其中包含了每个 snpid 的注释信息，包括基因名、染色体位置等等。

注意：在使用 ANNOVAR 进行注释时，需要保证输入文件的格式正确，例如每个 snpid 应该独占一行，且不包含空行或注释行。