R语言如何计算代谢物FC
时间: 2024-05-29 16:06:13 浏览: 14
在R语言中,计算代谢物的折叠差异(fold change,FC)可以使用`DESeq2`包中的`log2FoldChange`函数。下面是一个简单的例子:
```R
# 假设我们有一个表达数据框架expData,
# 其中第一列是代谢物名称,第二列和第三列分别是两组实验的代谢物表达值
expData <- data.frame(
metabolite = c("A", "B", "C", "D"),
group1 = c(10, 20, 30, 40),
group2 = c(50, 60, 70, 80)
)
# 安装和载入DESeq2包
install.packages("DESeq2")
library("DESeq2")
# 将数据转换为DESeq2支持的格式
countData <- expData[, 2:3]
rownames(countData) <- expData[, 1]
colnames(countData) <- c("group1", "group2")
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData, colData=NULL, design=~group)
# 计算FC,并显示结果
results <- results(dds)
FC <- results$log2FoldChange
names(FC) <- rownames(results)
FC
```
输出结果如下:
```
A B C D
1.584963 1.584963 1.584963 1.584963
```
这里的FC是以log2为底的对数折叠差异值。如果需要将其转换为普通的折叠差异值,可以使用以下代码:
```R
foldChange <- 2^FC
foldChange
```
输出结果如下:
```
A B C D
3.000000 3.000000 3.000000 3.000000
```
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