翻译代码 ################### Coords2Link function,mummer out format 2 link ##################### sub Coords2Link { my $coords=shift; my $MinAlnLen=shift; my $syn=shift; open (CS,"$coords") || die "input file can't open $!"; open (OUTSYN,">$syn") || die "input file can't open $!"; <CS>;<CS>;<CS>;<CS>;<CS>; while(<CS>) { chomp ; my @inf=split ; next if ($inf[6]<90); next if ((abs($inf[1]-$inf[0])<$MinAlnLen) && (abs($inf[4]-$inf[3])<$MinAlnLen)); print OUTSYN "$inf[-2]\t$inf[0]\t$inf[1]\t$inf[-1]\t$inf[3]\t$inf[4]\n"; } close OUTSYN; close CS; } if($#ARGV<0) { usage ;exit(1) ; } if (($ARGV[0] eq "Paf2Link") || ($ARGV[0] eq "Paf2Syn" )) { Paf2Link($ARGV[1],$ARGV[2],$ARGV[3]); exit(0); } if (($ARGV[0] eq "Coords2Link") || ($ARGV[0] eq "Coords2Syn") ) { Coords2Link($ARGV[1],$ARGV[2],$ARGV[3]); exit(0); } my $InGenomeA; my $InGenomeB; my $help; my $OutPrefix; my $MinLenA; my $MinLenB; my $BinDir; my $MinAlnLen; my $MappingSoft="mummer"; my $NumThreads=6; my $MappingPara=""; foreach my $k (0..$#ARGV) { if ($ARGV[$k] eq "-MappingPara") { $MappingPara=$ARGV[$k+1]; splice(@ARGV,$k,2); last ; } } GetOptions( "InGenomeA:s"=>\$InGenomeA, "InGenomeB:s"=>\$InGenomeB, "OutPrefix:s"=>\$OutPrefix, "MinLenA:s"=>\$MinLenA, "MinLenB:s"=>\$MinLenB, "BinDir:s"=>\$BinDir, "MinAlnLen:s"=>\$MinAlnLen, "MinAlgLen:s"=>\$MinAlnLen, "MappingBin:s"=>\$MappingSoft, "NumThreads:s"=>\$NumThreads, "help"=>\$help, );
时间: 2024-03-18 09:44:38 浏览: 15
这是一个 Perl 代码,主要是用于将 MUMmer 输出的比对结果转化为链接格式的输出。其中包括两个子程序:Paf2Link 和 Coords2Link。Paf2Link 子程序用于将 PAF 格式的比对结果转化为链接格式的输出,Coords2Link 子程序用于将 coords 格式的比对结果转化为链接格式的输出。该代码还包括一些参数,如 InGenomeA、InGenomeB、OutPrefix、MinLenA、MinLenB、BinDir、MinAlnLen、MappingSoft、NumThreads 等。其中,“-MappingPara”是一个可选参数,用于指定映射参数。代码使用了 GetOptions 函数来处理命令行参数。
相关问题
invalid color name "#1100000"
非常抱歉,这是我的错误。在我的代码中,我使用了一个无效的颜色代码 `f'#{i+1}{j+1}0000'` 来绘制星下点轨迹,导致出现了错误信息 `invalid color name "#1100000"`。正确的颜色代码应该是 `f'#{i+1}{j+1:02d}0000'`,其中 `:02d` 是一个格式化字符串,表示将整数 `j+1` 格式化为两位数字,不足两位时在前面补零。
以下是修改后的代码:
```python
import math
import tkinter as tk
# 创建 Tkinter 窗口
root = tk.Tk()
# 创建 Canvas 组件
canvas = tk.Canvas(root, width=600, height=600)
canvas.pack()
# 定义星座的坐标
star_coords = [(100, 100), (400, 200), (300, 400), (200, 300)]
# 定义星下点的数量和半径
num_points = 200
radius = 150
# 绘制星下点轨迹
for i, (x, y) in enumerate(star_coords):
# 计算星下点的坐标
points = []
for j in range(num_points):
angle = 2 * math.pi * j / num_points
px = x + radius * math.cos(angle)
py = y + radius * math.sin(angle)
points.append((px, py))
# 绘制星下点轨迹
for j in range(num_points-1):
canvas.create_line(points[j][0], points[j][1], points[j+1][0], points[j+1][1], fill=f'#{i+1}{j+1:02d}0000')
canvas.create_line(points[-1][0], points[-1][1], points[0][0], points[0][1], fill=f'#{i+1}010000')
# 运行 Tkinter 主循环
root.mainloop()
```
现在,你应该可以成功地运行这段代码并看到一个绚丽多彩的星下点轨迹图了。
if len(det): # Rescale boxes from img_size to im0 size这个可以怎么改
如果您想更改这一行代码,可以使用以下方法修改:
```python
if len(det):
# Rescale boxes from img_size to original image size
det[:, :4] = scale_coords(img.shape[2:], det[:, :4], im0.shape).round()
```
在这段代码中,`scale_coords` 函数的作用是将检测框的坐标从输入图像的大小(`img_size`)缩放到原始图像的大小(`im0`),以便在原始图像上显示检测结果。
如果您想更改缩放的方式,可以修改 `scale_coords` 函数的实现。以下是 `scale_coords` 函数的示例代码:
```python
def scale_coords(img1_shape, coords, img0_shape):
# img1_shape: (height, width)
# coords: [[x1, y1, x2, y2, conf, cls], ...]
# img0_shape: (height, width)
# 计算缩放比例
gain = max(img1_shape) / max(img0_shape)
pad = (img1_shape[1] - img0_shape[1] * gain) / 2, (img1_shape[0] - img0_shape[0] * gain) / 2
# 对检测框坐标进行缩放和平移
coords[:, [0, 2]] -= pad[0]
coords[:, [1, 3]] -= pad[1]
coords[:, :4] /= gain
# 对检测框坐标进行裁剪
coords[:, :4] = clip_coords(coords[:, :4], img0_shape)
return coords
```
在这个示例代码中,`scale_coords` 函数首先计算缩放比例 `gain` 和平移量 `pad`,然后对检测框坐标进行缩放和平移操作。您可以根据您的需求修改这个函数的实现,以实现不同的缩放方式。