循环浏览文件夹中的所有nii文件 使用nibabel加载nii文件 循环遍及nii文件的每一层 使用函数计算图层的面积 如果图层面积大于迄今为止找到的最大面积,更新最大面积和相应的空间坐标 输出nii文件的最大面积和相应的空间坐标为表格 完整代码
时间: 2024-04-29 17:22:38 浏览: 132
使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作
```python
import os
import nibabel as nib
import numpy as np
import pandas as pd
# 设置文件夹路径
folder_path = "/path/to/folder"
# 定义函数计算图层面积
def calculate_area(layer):
# 计算每个像素的面积
voxel_size = np.abs(layer.affine[:3, :3]).prod()
# 计算非零像素的数量
num_voxels = np.count_nonzero(layer.get_fdata())
# 计算面积
area = num_voxels * voxel_size
return area
# 初始化最大面积和相应的空间坐标
max_area = 0
max_coord = None
# 遍历文件夹中的所有nii文件
for file_name in os.listdir(folder_path):
if file_name.endswith(".nii"): # 只处理nii文件
file_path = os.path.join(folder_path, file_name)
img = nib.load(file_path)
# 遍历nii文件的每一层
for i, layer in enumerate(img.get_fdata()):
area = calculate_area(layer)
# 如果图层面积大于迄今为止找到的最大面积,更新最大面积和相应的空间坐标
if area > max_area:
max_area = area
max_coord = img.affine[:3, :3] @ [i, 0, 0] + img.affine[:3, 3]
# 输出最大面积和相应的空间坐标为表格
df = pd.DataFrame({"Max Area": [max_area], "Max Coord": [max_coord]})
print(df)
```
注意,这个代码假设nii文件的空间坐标是以RAS(右-前-上)方向的顺序存储的。如果你的nii文件使用不同的坐标系统,请相应地修改代码中的`max_coord`计算方法。
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