SMILES Parse Error: syntax error while parsing:
时间: 2023-09-20 18:13:32 浏览: 440
2019-加D-wave公司quadrant组-All SMILES Variational Autoencoder-多GRU+
这个错误通常表示在解析 SMILES 字符串时发生了语法错误。SMILES 字符串应该遵循一定的语法规则,以正确表示化学分子的结构。
以下是一些常见的导致语法错误的情况:
1. 未正确关闭括号:在 SMILES 字符串中,每个打开的括号都需要有相应的闭合括号。如果括号没有正确配对,就会导致语法错误。
2. 原子符号错误:SMILES 中使用原子符号表示化学元素,如 "C" 表示碳,"O" 表示氧等。如果使用了错误的原子符号或者不存在的化学元素,就会导致语法错误。
3. 错误的键连接符:在 SMILES 中,化学键通过不同的符号表示,如 "-" 表示单键,"=" 表示双键,"#" 表示三键等。如果使用了错误的键连接符或者键连接符的数量不正确,就会导致语法错误。
4. 不正确的环表示:在 SMILES 中,可以使用数字来表示环,如 "C1CCCCC1" 表示一个六元环。如果环表示不正确或者环中的原子数量不匹配,就会导致语法错误。
要解决这个错误,你可以检查你的 SMILES 字符串是否符合 SMILES 的语法规则,并根据错误信息来定位和修复语法错误的部分。你也可以尝试使用其他的 SMILES 字符串来测试代码,以确定是否是特定 SMILES 字符串导致了错误。
阅读全文