SMILES Parse Error: syntax error while parsing:

这个错误通常表示在解析 SMILES 字符串时发生了语法错误。SMILES 字符串应该遵循一定的语法规则，以正确表示化学分子的结构。

以下是一些常见的导致语法错误的情况：

1. 未正确关闭括号：在 SMILES 字符串中，每个打开的括号都需要有相应的闭合括号。如果括号没有正确配对，就会导致语法错误。

2. 原子符号错误：SMILES 中使用原子符号表示化学元素，如 "C" 表示碳，"O" 表示氧等。如果使用了错误的原子符号或者不存在的化学元素，就会导致语法错误。

3. 错误的键连接符：在 SMILES 中，化学键通过不同的符号表示，如 "-" 表示单键，"=" 表示双键，"#" 表示三键等。如果使用了错误的键连接符或者键连接符的数量不正确，就会导致语法错误。

4. 不正确的环表示：在 SMILES 中，可以使用数字来表示环，如 "C1CCCCC1" 表示一个六元环。如果环表示不正确或者环中的原子数量不匹配，就会导致语法错误。

要解决这个错误，你可以检查你的 SMILES 字符串是否符合 SMILES 的语法规则，并根据错误信息来定位和修复语法错误的部分。你也可以尝试使用其他的 SMILES 字符串来测试代码，以确定是否是特定 SMILES 字符串导致了错误。

相关问题

[13:42:54] SMILES Parse Error: syntax error while parsing: CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27] [13:42:54] SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES 'CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27]' for input: 'CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27]' [13:42:54] SMILES Parse Error: syntax error while parsing: [BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1] [13:42:54] SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' for input: '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' 线程 'MainThread' (0x1) 已退出，返回值为 0 (0x0)。

这些错误信息表明在解析 SMILES 时发生了语法错误。有几个可能的原因导致这些错误：

1. 拼写错误：请确保你的 SMILES 字符串没有任何拼写错误。即使一个小的拼写错误也会导致整个 SMILES 字符串无效。

2. 不受支持的特性：RDKit 对某些特殊的 SMILES 特性可能不支持，这可能导致解析错误。你可以查阅 RDKit 的文档来了解支持的特性和语法规则。

3. SMILES 字符串格式错误：请确保你的 SMILES 字符串是按照正确的 SMILES 格式编写的。如果格式不正确，RDKit 将无法解析。

建议你检查你提供的 SMILES 字符串是否符合正确的格式，并确保没有任何拼写错误。如果问题仍然存在，请提供更多关于你的 SMILES 字符串的信息，以便我能够更好地帮助你解决问题。

AttributeError: module 'deepchem.utils' has no attribute 'smiles_to_mol'

这个错误通常是因为您正在使用的TensorFlow版本不兼容。在TensorFlow 2.中，rib模块已被删除。如果您的代码使用了rib模块，那么在TensorFlow 2.中就会出现这个错误。解决这个问题的方法是使用TensorFlow 1.x版本，或者修改代码以不使用rib模块。\n\对于第二个引用，这段代码的作用是将smiles_中的rug列中每个分子的长度计算出来，并将结果存储在新的列中。如果分子为空，则将长度设置为。\n\至于您提到的phem.utils模块中缺少smiles__m属性的问题，可能是因为您使用的是不同版本的DeepChem。请检查您的DeepChem版本，并查看文档以确定正确的方法名称。如果您使用的是最新版本的DeepChem，那么可能是该方法已被删除或更改名称。您可以查看DeepChem的文档或GitHub页面以获取更多信息。\n\