如何使用r语言进行nomogram
时间: 2024-03-22 16:39:51 浏览: 73
使用R语言进行Nomogram可以使用 `rms` 包中的 `nomogram()` 函数。以下是一些基本步骤:
1. 安装和加载 `rms` 包
```R
install.packages("rms")
library(rms)
```
2. 准备数据并创建模型
```R
data("lung")
lung$ph.karno[is.na(lung$ph.karno)] <- median(lung$ph.karno, na.rm = TRUE)
lung$status <- ifelse(lung$status == 1, "Dead", "Alive")
lung$status <- factor(lung$status, levels = c("Alive", "Dead"))
lung$sex <- factor(lung$sex, levels = c(1, 2), labels = c("Male", "Female"))
lung$ph.ecog <- factor(lung$ph.ecog, levels = c(0, 1, 2, 3, 4), labels = c("0", "1", "2", "3", "4"))
lung$wt.loss <- ifelse(lung$wt.loss == 0, "No", "Yes")
lung$wt.loss <- factor(lung$wt.loss, levels = c("No", "Yes"))
fit <- cph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog + ph.karno + pat.karno + meal.cal + wt.loss, data = lung, x = TRUE, y = TRUE)
```
3. 使用 `nomogram()` 函数创建Nomogram
```R
nom <- nomogram(fit, fun = function(x) 1 - exp(-x), funlabel = "S(t)")
print(nom)
```
这将生成一个Nomogram绘图,你可以使用 `plot(nom)` 来查看。
这只是一个简单的例子,你可以根据你的数据和需要进行适当的更改和调整。
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