r语言nomogram
时间: 2023-07-18 07:09:01 浏览: 118
Nomogram 是一种可视化工具,可以用于预测模型的解释和可视化。在 R 语言中,您可以使用 `rms` 包中的 `nomogram()` 函数来创建 Nomogram。下面是一个简单的例子:
```r
library(rms)
data(pbc)
fit <- cph(Surv(time, status) ~ albumin + protime, data = pbc)
nom <- nomogram(fit, fun = function(x) 1 - exp(-x))
plot(nom)
```
在这个例子中,我们使用 `pbc` 数据集中的两个变量 `albumin` 和 `protime` 来拟合一个 Cox 模型,并使用 `nomogram()` 函数创建一个 Nomogram。`fun` 参数指定了一个函数,该函数将模型预测转换为患者生存率的预测。最后,我们使用 `plot()` 函数将 Nomogram 绘制出来。
请注意,这只是 Nomogram 的一个简单示例。在实际应用中,您可能需要使用更复杂的模型和更多的变量来创建 Nomogram。
相关问题
请输出R语言nomogram的代码
R语言nomogram的代码如下:
library(Nomogram)
data(lung)
fit <- nomogram(Surv(time,status) ~ age + sex + ph.ecog + wt.loss + prior, data = lung)
plot(fit)
R语言作出nomogram后,如何美化nomogram
R语言中的nomogram(诺莫图)是一种可视化工具,用于展示变量间的交互作用和比例关系。若想美化nomogram,可以考虑以下几个方面:
1. **颜色方案**:选择有对比度的颜色,使用`ggplot2`库中的`scale_fill_manual()`或`scale_color_manual()`函数自定义颜色,保持一致性和美观。
2. **标签和字体**:通过`theme()`函数调整标题、轴标签和刻度线的字体大小、样式,使信息清晰易读。例如:
```r
theme_set(theme_minimal(base_size = 16) +
theme(axis.title.size = rel(1.5),
axis.text.size = rel(1.2)))
```
3. **背景和网格线**:使用`strip_background()`函数添加背景色,`grid()`函数控制网格线的样式和间距。
4. **图形元素**:调整条带、箭头等图形元素的宽度、长度和形状,使用`geom_text()`添加注释或解释文字。
5. **空间布局**:如果需要,可以使用`grid.arrange()`来组合多个nomogram,或者`cowplot`包创建更复杂的布局设计。
6. **数据驱动设计**:如果数据变化较大,可以利用`scales::continuous_scale()`的`breaks`和`limits`选项定制刻度点。
7. **个性化图标**:使用`ggpubr`或`viridis`等库的图标,替换默认图标以提升视觉吸引力。
记得保存美化后的图形并导出为高质量的图片文件,如PNG或PDF。如果你想分享给他人,确保图形可以在各种设备上清晰显示。
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