for (k in 1:p) { temp <- matrix(x[, k], ncol = 1) omega_CCM_main[ss, k] = myTestStat_CCM(x0 = temp, y0 = y) omega_MDDM_main[ss, k] = myTestStat_MDDM(x0 = temp, y0 = y) omega_DC_main[ss, k] = ((dcov(temp, y_j))^2) / sqrt((dcov(temp, temp))^2) omega_SIS_max[ss, k] = max(abs(cor(temp, y[, 1:q]))) omega_SIS_sum[ss, k] = sum(abs(cor(temp, y[, 1:q]))) temp1 = matrix(x[, k]^2, ncol = 1) temp2 = cbind(x[, k]^2, x[, k]) omega_CCM_interaction[ss, k] = myTestStat_CCM(x0 = temp1, y0 = y_square) omega_MDDM_interaction[ss, k] = myTestStat_MDDM(x0 = temp1, y0 = y_square) omega_DC_interaction[ss, k] = ((dcov(temp1, y_start))^2) / sqrt((dcov(temp1, temp1))^2) omega_CCM_interaction1[ss, k] = myTestStat_CCM(x0 = temp2, y0 = y_square) omega_MDDM_interaction1[ss, k] = myTestStat_MDDM(x0 = temp2, y0 = y_square) omega_DC_interaction1[ss, k] = ((dcov(temp2, y_start))^2) / sqrt((dcov(temp2, temp2))^2) } } 优化代码 减少运行时间

时间: 2024-04-10 21:31:29 浏览: 106
为了优化代码并减少运行时间,你可以考虑以下几点: 1. 提前定义变量:在循环之前,将需要重复使用的变量提前定义好,避免在循环中重复创建对象。 2. 向量化运算:尽量使用向量化的操作,避免使用循环。例如,可以使用apply函数或者矩阵运算来替代循环。 3. 并行计算:如果你的电脑支持并行计算,可以考虑使用并行计算来加速代码运行。例如,使用foreach或者parallel包来进行并行计算。 4. 减少函数调用:尽量减少函数的调用次数,可以将重复调用的函数结果保存到变量中,避免重复计算。 根据代码片段提供的信息,我无法详细了解函数和数据的具体内容。如果你能提供更多关于函数和数据的信息,我可以给出更具体的优化建议。
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k <- 1000 n <- 100 beta0 <- c(1,1) #真实值 alp <- 0.05 #显著性水平 beta1hat <- matrix(nrow = k,ncol = 2) beta2hat <- matrix(nrow = k,ncol = 2) hsig <- numeric(k) hus <- matrix(nrow = k,ncol = 2) hls <- matrix(nrow = k,ncol = 2) y <- 2*x1+3*x2 for(i in 1:k){ x1 <- rnorm(n,0,0.5) x2 <- rbinom(n,1,prob=0.5) eb <- rnorm(n,0,1) hy <- X1%*%beta1hat +X2%*%beta2hat+eb beta1hat[i] <- solve(t(x1)%*%x1)%*%t(x1)%*%hy beta2hat[i] <- solve(t(x2)%*%x2)%*%t(x2)%*%hy }

这段代码是一个模拟线性回归的过程。其中,通过生成随机数来模拟自变量和误差项,然后利用最小二乘法来估计回归系数。其中,beta1hat和beta2hat是两个回归系数的估计值,hsig、hus和hls则是用来计算回归系数的标准误、上置信限和下置信限的值。最后,y是根据真实值和估计出来的回归系数计算出来的因变量的值。

rm(list=ls()) k <- 1000 n <- 100 m <- 200 mu1 <- 0 mu2 <- 1 sig1 <- 1 sig2 <- 2 hvar1.boot <- matrix(nrow = k,ncol = 1) hvar2.boot <- matrix(nrow = k,ncol = 1) for(l in 1:k){ x <- rnorm(n,mu1,sig1) y <- rnorm(m,mu2,sig2) } library(bootstrap) B <- 2000 R.boot <- numeric(B) for (b in 1:B) { idx <- sample(1:n, size = n, replace = TRUE) idy <- sample(1:m, size = m, replace = TRUE) hvar1.boot[b,] <- mean(idx,) hvar2.boot[b,] <- mean(idy,) }

这段代码是一个模拟实验,其中包括以下几个步骤: 1. 清空R环境中的所有对象,以便从一个干净的状态开始。 2. 定义了一些变量,比如k、n、m、mu1、mu2、sig1和sig2等。 3. 创建了两个矩阵hvar1.boot和hvar2.boot,它们的行数为k,列数为1。 4. 在一个for循环中,生成了n个从N(mu1, sig1)分布中随机抽取的样本和m个从N(mu2, sig2)分布中随机抽取的样本。 5. 导入bootstrap包,并定义一个名为B的变量,它表示bootstrap重复次数。 6. 在一个for循环中,使用bootstrap方法对hvar1和hvar2进行了重采样,并计算了每个重采样样本的均值。 在这段代码中,最后一个for循环中的代码存在语法错误,因为mean函数的输入参数不正确,应该是mean(x[idx])和mean(y[idy]),分别计算x[idx]和y[idy]的均值。
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基于以下代码:# ①建立50×30的随机数据和30个变量 set.seed(123) X <- matrix(rnorm(50*30), ncol=30) y <- rnorm(50) # ②生成三组不同系数的线性模型 beta1 <- rnorm(30, mean=1, sd=0.5) beta2 <- rnorm(30, mean=2, sd=0.5) beta3 <- rnorm(30, mean=3, sd=0.5) # 定义一个函数用于计算线性回归的CV值 cv_linear <- function(X, y, k=10, lambda=NULL) { n <- nrow(X) if (is.null(lambda)) { lambda <- seq(0, 1, length.out=100) } mse <- rep(0, length(lambda)) folds <- sample(rep(1:k, length.out=n)) for (i in 1:k) { X_train <- X[folds!=i, ] y_train <- y[folds!=i] X_test <- X[folds==i, ] y_test <- y[folds==i] for (j in 1:length(lambda)) { fit <- glmnet(X_train, y_train, alpha=0, lambda=lambda[j]) y_pred <- predict(fit, newx=X_test) mse[j] <- mse[j] + mean((y_test - y_pred)^2) } } mse <- mse / k return(mse) } # ③(线性回归中)分别计算这三组的CV值 lambda <- seq(0, 1, length.out=100) mse1 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) mse2 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) mse3 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) # ④(岭回归中)分别画出这三组的两张图,两张图均以lambd为横坐标,一张图以CV error为纵坐标,一张图以Prediction error为纵坐标,两张图同分开在Plots位置 library(glmnet) par(mfrow=c(1,2)) # 画CV error图 plot(lambda, mse1, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Beta1") points(lambda, mse2, type="l", col="red") points(lambda, mse3, type="l", col="blue") # 画Prediction error图 fit1 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse1)]) fit2 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse2)]) fit3 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse3)]) y_pred1 <- predict(fit1, newx=X) y_pred2 <- predict(fit2, newx=X) y_pred3 <- predict(fit3, newx=X) pred_error1 <- mean((y - y_pred1)^2) pred_error2 <- mean((y - y_pred2)^2) pred_error3 <- mean((y - y_pred3)^2) plot(lambda, pred_error1, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Beta1") points(lambda, pred_error2, type="l", col="red") points(lambda, pred_error3, type="l", col="blue")。按以下要求修改R代码:将三组的分别以CV error和Prediction error为纵坐标的图,每次Plots位置只会出现同一个组的两张分别以CV error和Prediction error为纵坐标的图

用R语言优化并更改以下代码的变量名称set.seed(123) n <- 1000 mu1 <- c(0,4) mu2 <- c(-2,0) Sigma1 <- matrix(c(3,0,0,0.5),nr=2,nc=2) Sigma2 <- matrix(c(1,0,0,2),nr=2,nc=2) phi <- c(0.6,0.4) X <- matrix(0,nr=2,nc=n) for (i in 1:n) { if (runif(1)<=phi[1]) { X[,i] <- mvrnorm(1,mu=mu1,Sigma=Sigma1) }else{ X[,i] <- mvrnorm(1,mu=mu2,Sigma=Sigma2) } } ##initial guess for parameters mu10 <- runif(2) mu20 <- runif(2) Sigma10 <- diag(2) Sigma20 <- diag(2) phi0 <- runif(2) phi0 <- phi0/sum(phi0) ##EM algorithm k=2 prob <- matrix(rep(0,k*n),ncol = 2) weight <- matrix(rep(0,k*n),ncol = 2) phi <- phi0 mu <- matrix(c(mu10,mu20),nr=2) Sigma <- matrix(c(Sigma10,Sigma20),nr=2) #for loop,set up max iterations (200) for (step in 1:200) { for (j in 1:k) { for (i in 1:1000) { prob[i,j] <- dmvnorm(X[,i], mu[,j], Sigma[,(2*j-1):(2*j)]) weight[i,j] <- phi[j] * prob[i,j] } } row_sum <- rowSums(weight) prob <- weight/row_sum #prob denotes "wij" hear # note the parameters of the last iteration oldphi <- phi oldmu <- mu oldSigma <- Sigma # M-step:calculate the next theta by maximizing g(theta) for (j in 1:k) { sum1 <- sum(prob[, j]) sum2 <- X%*%prob[, j] phi[j] <- sum1/n mu[,j] <- sum2/sum1 sum3 <- matrix(c(0,0,0,0),nr=2) for (m in 1:n) { sum30 <- ((X[,m]-mu[,j])%*%t(X[,m]-mu[,j]))*prob[m,j] sum3 <- sum3+sum30 } Sigma[,(2*j-1):(2*j)] <- sum3/sum1 } # Set threshold: convergence is considered when the parameter obtained from the previous iteration has little change from the parameter obtained from the next iteration threshold <- 1e-5 if (sum(abs(phi - oldphi)) < threshold & sum(abs(mu - oldmu)) < threshold & sum(abs(Sigma - oldSigma)) < threshold) break #print the parameters in every iteration cat('step', step, 'phi', phi, 'mu', mu, 'Sigma', Sigma, '\n') }

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