High speed: % mafft in > out % mafft --retree 1 in > out (fast) High accuracy (for <~200 sequences x <~2,000 aa/nt): % mafft --maxiterate 1000 --localpair in > out (% linsi in > out is also ok) % mafft --maxiterate 1000 --genafpair in > out (% einsi in > out) % mafft --maxiterate 1000 --globalpair in > out (% ginsi in > out) If unsure which option to use: % mafft --auto in > out --op # : Gap opening penalty, default: 1.53 --ep # : Offset (works like gap extension penalty), default: 0.0 --maxiterate # : Maximum number of iterative refinement, default: 0 --clustalout : Output: clustal format, default: fasta --reorder : Outorder: aligned, default: input order --quiet : Do not report progress --thread # : Number of threads (if unsure, --thread -1)

这是mafft的一些常用命令和选项，用于在不同情况下生成高速或高精度的序列比对结果。以下是各个选项的含义：

1. High speed: 这是用于生成快速比对结果的选项。使用“mafft in > out”或“mafft --retree 1 in > out”命令可以获得快速比对结果。

2. High accuracy: 这是用于生成高精度比对结果的选项。使用“mafft --maxiterate 1000 --localpair in > out”、“mafft --maxiterate 1000 --genafpair in > out”或“mafft --maxiterate 1000 --globalpair in > out”命令可以获得高精度比对结果。

3. If unsure which option to use: 如果不确定应该使用哪个选项，则可以使用“mafft --auto in > out”命令。mafft将根据序列的数量和长度自动选择适当的比对选项。

4. --op #: Gap opening penalty。这是一个用于指定序列中插入空位（gap）的惩罚系数，默认值为1.53。

5. --ep #: Offset。这个选项类似于gap extension penalty，用于指定插入空位时的额外惩罚， 默认值为0.0。

6. --maxiterate #: Maximum number of iterative refinement。这是指定迭代次数的选项，用于控制算法的收敛速度，默认值为0，表示不进行迭代。

7. --clustalout: 输出clustal格式比对结果，默认输出FASTA格式。

8. --reorder: 指定输出结果的序列顺序，可以选择“aligned”或“input order”。

9. --quiet: 不显示比对进度信息。

10. --thread #: 指定线程数，如果不确定，请使用“--thread -1”选项，mafft将自动选择最佳线程数。

这些选项的具体用法和参数取值可以在mafft的官方文档中找到。