泰勒图 怎么看rmsd
时间: 2023-11-26 19:01:17 浏览: 75
泰勒图是一种用来观察蛋白质结构的图形表示方法,在研究蛋白质结构的变化和比较时经常会用到。在泰勒图中,通常会通过计算不同构象之间的根均方偏差(RMSD)来衡量它们之间的相似程度。RMSD是通过比较不同构象中的原子坐标差异来计算的,它能够反映出蛋白质结构的整体变化情况。
在观察泰勒图时,可以通过观察构象之间的RMSD值来判断它们的相似程度。如果两个构象的RMSD值较小,则说明它们的结构比较相似;如果RMSD值较大,则表示它们的结构差异较大。此外,泰勒图还可以帮助我们观察蛋白质结构的变化趋势,从而更好地理解蛋白质的功能和性质。
总的来说,通过观察泰勒图中构象之间的RMSD值,可以更清楚地了解蛋白质结构的相似性和变化情况。这有助于深入理解蛋白质的结构与功能之间的关系,对于蛋白质工程和药物设计方面的研究具有重要意义。
相关问题
pymol计算rmsd
在 PyMOL 中计算两个分子之间的 RMSD 可以使用 `align` 命令。假设两个分子的名称分别为 `mol1` 和 `mol2`,则可以按照以下步骤进行计算:
1. 将两个分子都加载到 PyMOL 中:
```
load mol1.pdb, mol1
load mol2.pdb, mol2
```
2. 对其中一个分子进行配准,使其与另一个分子的结构尽量相似:
```
align mol1, mol2
```
3. 计算 RMSD:
```
rms_cur = cmd.rms_cur(mol1, mol2)
print('RMSD = %.3f Å' % rms_cur[0])
```
`rms_cur` 是一个包含 RMSD 值的元组,第一个元素即为 RMSD 的数值。在输出结果时,使用了字符串格式化来将 RMSD 值插入到字符串中。这里使用了 `%.3f` 格式化字符串,表示保留三位小数的浮点数。
完整代码示例:
```python
import pymol
# 初始化 PyMOL
pymol.finish_launching()
# 加载分子
cmd.load('mol1.pdb', 'mol1')
cmd.load('mol2.pdb', 'mol2')
# 对 mol1 进行配准
cmd.align('mol1', 'mol2')
# 计算 RMSD
rms_cur = cmd.rms_cur('mol1', 'mol2')
print('RMSD = %.3f Å' % rms_cur[0])
```
注意:在使用 PyMOL 前,必须要先调用 `finish_launching()` 方法对其进行初始化。
用Python计算RMSD
要计算两个分子之间的RMSD,需要先将它们的坐标对齐。常见的方法是使用Kabsch算法进行最小二乘拟合,将两个分子的坐标旋转、平移至最佳匹配。然后对齐后的坐标计算RMSD即可。
以下是用Python实现的示例代码:
```python
import numpy as np
def kabsch_rmsd(P, Q):
"""Calculate RMSD between two sets of points after Kabsch alignment"""
# center points
P -= np.mean(P, axis=0)
Q -= np.mean(Q, axis=0)
# calculate covariance matrix
C = np.dot(P.T, Q)
# singular value decomposition
V, S, W = np.linalg.svd(C)
# check if we need to correct for reflection
if np.linalg.det(V) * np.linalg.det(W) < 0:
S[-1] = -S[-1]
V[:, -1] = -V[:, -1]
# calculate rotation matrix and transformed coordinates
U = np.dot(V, W)
P = np.dot(P, U)
# return RMSD
return np.sqrt(np.mean(np.sum((P - Q)**2, axis=1)))
# example usage
P = np.array([[0, 0, 0], [0, 1, 0], [1, 1, 0], [1, 0, 0]])
Q = np.array([[0.2, 0.1, 0.1], [0.2, 1.1, 0.1], [1.2, 1.1, 0.1], [1.2, 0.1, 0.1]])
rmsd = kabsch_rmsd(P, Q)
print(rmsd)
```
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