gatk:301: SyntaxWarning: "is" with a literal. Did you mean "=="? if call(["gsutil", "-q", "stat", gcsjar]) is 0

这个警告是 Python 的语法警告，提示你在 if 语句中使用了字面量（literal）和 is 进行比较，建议使用 == 进行比较。字面量是指直接出现在代码中的值，例如 0、True、False 等。

正确的写法应该是：

if call(["gsutil", "-q", "stat", gcsjar]) == 0:

相关问题

使用GATK的combinegvcf模块合并gvcf文件，可是到了这一步Using GATK jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar Running: java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar CombineGVCFs -R /stor9000/apps/users/NWSUAF/2008115251/genomes/ARS-UCD1.2_Btau5.0.1Y.fa --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_22/1_XN_22.g.vcf.gz --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_18/1_XN_18.g.vcf.gz -O /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050469/candy/bwa/gatk/Combine/chr1.g.vcf.gz 09:10:40.524 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so 09:10:50.696 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.3.0.0 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Executing as 2022050469@node54 on Linux v3.10.0-1127.el7.x86_64 amd64 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Java runtime: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM v1.8.0_72-b15 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Start Date/Time: July 21, 2023 9:10:40 AM CST 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Version: 3.0.1 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Picard Version: 2.27.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Built for Spark Version: 2.4.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defaults.COMPRESSION_LEVEL : 2 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defa就停止了，没有输出文件，也没有报错文件

根据您提供的日志信息，目前还不清楚具体原因。不过，有几个常见的问题可能导致gvcf文件合并失败：

1. 文件路径或名称错误：请确保输入的gvcf文件路径和名称正确，并且文件存在于指定的位置。

2. 工具版本不兼容：检查您使用的GATK版本是否与您的数据兼容。有时，不同版本的GATK可能具有不同的参数或支持不同的功能。

3. 内存不足：合并多个gvcf文件可能需要较大的内存。请确保您的系统具有足够的可用内存来处理合并操作。

4. 磁盘空间不足：检查您的系统磁盘空间是否足够容纳合并后的gvcf文件。如果磁盘空间不足，合并操作可能会失败。

5. 输入文件格式错误：确保输入的gvcf文件格式正确，并且符合GATK的要求。

如果您能提供更多详细信息，如错误消息或其他日志输出，我可以更准确地帮助您解决问题。

gatk GenotypeGVCFs -R ref.fa -V chrx.merged.g.vcf.gz -O chrx.genotype.vcf.gz各个参数的意义，并举例

1. `-R ref.fa`：指定参考基因组文件，`ref.fa`是参考基因组文件的路径和文件名。
2. `-V chrx.merged.g.vcf.gz`：指定输入的GVCF文件，`chrx.merged.g.vcf.gz`是输入文件的路径和文件名。
3. `-O chrx.genotype.vcf.gz`：指定输出文件的路径和文件名，`chrx.genotype.vcf.gz`是输出文件的路径和文件名。

举例来说，假设我们有一个参考基因组文件`hg38.fa`，一个包含多个样本的GVCF文件`sample1.g.vcf.gz, sample2.g.vcf.gz, sample3.g.vcf.gz`，我们想要对这些样本进行基因型调用并输出到一个VCF文件中，我们可以使用以下命令：

gatk GenotypeGVCFs -R hg38.fa -V sample1.g.vcf.gz -V sample2.g.vcf.gz -V sample3.g.vcf.gz -O genotypes.vcf.gz

其中，`-R`指定参考基因组文件，`-V`指定输入的GVCF文件，可以在命令中使用多个`-V`参数来指定多个输入文件，最终的基因型调用结果将会输出到`genotypes.vcf.gz`文件中。