如何在Windows系统上将nii.gz转换为nii？除了用FSL

在Windows系统上将nii.gz转换为nii文件，如果不能使用FSL（FreeSurfer Licensee），您可以尝试以下几种方法：

1. 使用Matlab和niftiwrite工具箱：
如果您的系统中安装了Matlab，可以使用Matlab自带的niftiwrite函数来实现转换。首先确保您已经安装了支持NIfTI文件格式的工具箱。然后，您可以使用以下代码进行转换：

   nii = niftiread('yourfile.nii.gz'); % 读取nii.gz文件
   niftiwrite(nii, 'yourfile.nii'); % 写入nii文件

2. 使用命令行工具：
您可以使用支持命令行操作的工具如MRIcron或者3D Slicer中的命令行工具。例如，MRIcron中的mcverter工具可以这样使用：

   mcverter -i yourfile.nii.gz -o yourfile.nii -type nii

3. 使用在线转换服务：
如果您不希望安装额外软件，可以使用一些在线平台提供的NIfTI文件格式转换服务。只需将nii.gz文件上传到这些平台，它们会提供转换后的nii文件下载链接。

在尝试上述方法时，请确保您已经获取了相应的文件并拥有使用它们的权限。

相关问题

如何在Windows系统上将nii.gz转换为nii？

在Windows系统上将nii.gz转换为nii文件，可以使用多种医学图像处理软件或命令行工具。以下是使用免费开源软件FSL（FMRIB Software Library）来完成转换的步骤：

1. 首先，需要下载并安装FSL。访问FSL的官方网站下载适合Windows系统的安装包。

2. 安装完成后，需要将FSL的bin目录添加到系统的环境变量PATH中，这样可以在命令行中直接调用FSL的工具。具体操作为：
- 右键点击“计算机”图标，选择“属性”。
- 点击“高级系统设置”，然后点击“环境变量”按钮。
- 在“系统变量”区域找到名为“Path”的变量，点击“编辑”。
- 在“编辑环境变量”对话框中，点击“新建”，将FSL的bin目录路径添加进去，如 `C:\Program Files\fsl\bin`。

3. 安装并配置好环境变量后，打开命令提示符（可以在开始菜单中搜索`cmd`）。

4. 在命令提示符中，使用FSL的`gunzip`命令来解压nii.gz文件。格式如下：

   gunzip -c filename.nii.gz > filename.nii

其中`filename`是你想要转换的文件名，不要包括`.nii.gz`扩展名。

例如，如果有一个名为`example.nii.gz`的文件，你应该在命令行中输入：

gunzip -c example.nii.gz > example.nii

5. 转换完成后，你可以使用FSL的其他工具或者医学图像查看软件打开转换后的`.nii`文件。

antsRegistrationSyN.sh -m brain.nii.gz -f brain_subjects.nii.gz -n 90 -t sr -o S1 antsRegistrationSyN.sh -m brain_subjects.nii.gz -f b0.nii.gz -n 90 -o S2 antsApplyTransforms -i BN.nii.gz -r brain_subjects.nii.gz -t S10GenericAffine.mat S11Warp.nii.gz -o inter.nii.gz -n NearestNeighbor antsApplyTransforms -i inter.nii.gz -r b0.nii.gz -t S20GenericAffine.mat S21Warp.nii.gz -o nearest.nii.gz -n NearestNeighbor

这是一个基于 ANTs 工具箱的脑部图像配准流程，可以将一个参考脑图像（brain.nii.gz）与多个脑图像（brain_subjects.nii.gz）进行配准。这个流程主要步骤包括：首先用 antsRegistrationSyN.sh 命令将参考脑图像与多个脑图像进行非线性配准，生成变换矩阵 S1。然后再用 antsRegistrationSyN.sh 命令将已配准的脑图像与 b0.nii.gz 进行线性配准，生成变换矩阵 S2。最后用 antsApplyTransforms 命令将 BN.nii.gz 按照变换矩阵 S1 和 S2 进行变换，最终得到经过配准后的 nearest.nii.gz 图像。其中，-n 90 表示使用 90 个正交步长进行配准，-t sr 表示使用 SyN 正则化方法进行非线性配准，-o 表示输出文件名。-n NearestNeighbor 表示插值方法采用最近邻插值。