self.dataset.parse_dataset()

时间: 2023-11-06 15:05:48 浏览: 29
这段代码是一个类的方法,其中的self指代类的实例对象,dataset是类的一个属性,包含了数据集的相关信息。该方法调用了dataset的parse_dataset()方法,该方法用于解析数据集,将数据集中的图片、标注等信息提取出来。具体地,parse_dataset()方法会读取数据集中的图片和标注文件,解析标注信息,提取出每个样本的文件路径、宽度、高度、目标框(gt_bbox)等信息,并将这些信息保存在一个列表中,最后返回该列表。在这个方法中,调用parse_dataset()方法是为了获取数据集的相关信息,为后续的处理做准备。
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解释 self.dataset.parse_dataset() roidbs = self.dataset.roidbs for rec in tqdm(roidbs): h, w = rec['h'], rec['w'] bbox = rec['gt_bbox'] wh = bbox[:, 2:4] - bbox[:, 0:2] + 1 wh = wh / np.array([[w, h]]) shape = np.ones_like(wh) * np.array([[w, h]]) whs = np.vstack((whs, wh)) shapes = np.vstack((shapes, shape))

这是一个类的方法,其中的self指代类的实例对象,dataset是类的一个属性,包含了数据集的相关信息。方法中首先调用了dataset的parse_dataset()方法,该方法用于解析数据集,将数据集中的图片、标注等信息提取出来。然后,通过遍历数据集中的每一个样本(rec),获取每个样本的高度(h)、宽度(w)、目标框(gt_bbox)等信息。接下来,通过目标框计算出目标的宽高比例(wh),并将其归一化到[0,1]的范围内。之后,将每个样本的宽高比例(wh)和形状(shape)记录在whs和shapes两个数组中。其中,whs是一个(n,2)的数组,n表示数据集中样本的总数,2表示每个样本的宽高比例。而shapes也是一个(n,2)的数组,用于记录每个样本的宽高信息。最后,方法返回whs和shapes两个数组。

self.dataset.parse_dataset() roidbs = self.dataset.roidbs for rec in tqdm(roidbs): h, w = rec['h'], rec['w'] bbox = rec['gt_bbox'] wh = bbox[:, 2:4] - bbox[:, 0:2] + 1 wh = wh / np.array([[w, h]]) shape = np.ones_like(wh) * np.array([[w, h]]) whs = np.vstack((whs, wh)) shapes = np.vstack((shapes, shape))这串代码的出处

这段代码的出处很难确定,因为它只是一些简单的数据处理代码,而没有任何特殊的标识或上下文信息。但是,从代码的内容和格式来看,它很可能是用于数据准备或数据增强的某个函数或类的一部分。具体而言,代码中的变量名和数据结构(如roidbs、rec、bbox等)表明它与目标检测或物体识别相关,而使用了numpy库的一些函数(如np.vstack())和语法(如wh / np.array([[w, h]]))表明它也涉及到对数组和矩阵的操作。因此,可以猜测这段代码是某个目标检测或物体识别任务中的数据预处理或增强代码的一部分。

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帮我为下面的代码加上注释:class SimpleDeepForest: def __init__(self, n_layers): self.n_layers = n_layers self.forest_layers = [] def fit(self, X, y): X_train = X for _ in range(self.n_layers): clf = RandomForestClassifier() clf.fit(X_train, y) self.forest_layers.append(clf) X_train = np.concatenate((X_train, clf.predict_proba(X_train)), axis=1) return self def predict(self, X): X_test = X for i in range(self.n_layers): X_test = np.concatenate((X_test, self.forest_layers[i].predict_proba(X_test)), axis=1) return self.forest_layers[-1].predict(X_test[:, :-2]) # 1. 提取序列特征(如:GC-content、序列长度等) def extract_features(fasta_file): features = [] for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): seq = record.seq gc_content = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) seq_len = len(seq) features.append([gc_content, seq_len]) return np.array(features) # 2. 读取相互作用数据并创建数据集 def create_dataset(rna_features, protein_features, label_file): labels = pd.read_csv(label_file, index_col=0) X = [] y = [] for i in range(labels.shape[0]): for j in range(labels.shape[1]): X.append(np.concatenate([rna_features[i], protein_features[j]])) y.append(labels.iloc[i, j]) return np.array(X), np.array(y) # 3. 调用SimpleDeepForest分类器 def optimize_deepforest(X, y): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2) model = SimpleDeepForest(n_layers=3) model.fit(X_train, y_train) y_pred = model.predict(X_test) print(classification_report(y_test, y_pred)) # 4. 主函数 def main(): rna_fasta = "RNA.fasta" protein_fasta = "pro.fasta" label_file = "label.csv" rna_features = extract_features(rna_fasta) protein_features = extract_features(protein_fasta) X, y = create_dataset(rna_features, protein_features, label_file) optimize_deepforest(X, y) if __name__ == "__main__": main()

3 main(opt) 4 File ".\train.py", line 529, in main 5 train(opt.hyp, opt, device, callbacks) 6 File ".\train.py", line 112, in train 7 data_dict = data_dict or check_dataset(data) # check if None 8 File "F:\yolov5\yolov5-master\utils\general.py", line 518, in check_dataset 9 data = yaml_load(data) # dictionary 10 File "F:\yolov5\yolov5-master\utils\general.py", line 603, in yaml_load 11 return yaml.safe_load(f) 12 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\__init__.py", line 125, in safe_load 13 return load(stream, SafeLoader) 14 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\__init__.py", line 81, in load 15 return loader.get_single_data() 16 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\constructor.py", line 49, in get_single_data 17 node = self.get_single_node() 18 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\composer.py", line 36, in get_single_node 19 document = self.compose_document() 20 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\composer.py", line 55, in compose_document 21 node = self.compose_node(None, None) 22 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\composer.py", line 84, in compose_node 23 node = self.compose_mapping_node(anchor) 24 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\composer.py", line 127, in compose_mapping_node 25 while not self.check_event(MappingEndEvent): 26 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\parser.py", line 98, in check_event 27 self.current_event = self.state() 28 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\parser.py", line 428, in parse_block_mapping_key 29 if self.check_token(KeyToken): 30 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\scanner.py", line 115, in check_token 31 while self.need_more_tokens(): 32 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\scanner.py", line 152, in need_more_tokens 33 self.stale_possible_simple_keys() 34 File "D:\minconda\envs\demo_py3.8\lib\site-packages\yaml\scanner.py", line 291, in stale_possible_simple_keys 35 raise ScannerError("while scanning a simple key", key.mark, 36 yaml.scanner.ScannerError: while scanning a simple key 37 in ".\data\coco_chv.yaml", line 18, column 1 38 could not find expected ':' 39 in ".\data\coco_chv.yaml", line 22, column 1

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