如何用分水岭分割算法批量分割dicom图像利用python,举个例子
时间: 2024-04-29 19:24:48 浏览: 9
可以使用Python库SimpleITK中的分水岭分割算法来批量分割DICOM图像。以下是一个代码示例:
```
import SimpleITK as sitk
import os
input_dir = 'path/to/input/dir/'
output_dir = 'path/to/output/dir/'
#获取输入目录下所有DICOM文件的路径列表
input_paths = []
for dirpath, dirnames, filenames in os.walk(input_dir):
for filename in filenames:
if filename.endswith('.dcm'):
input_paths.append(os.path.join(dirpath, filename))
#循环读取每个DICOM文件,应用分水岭分割算法,然后保存分割结果
for input_path in input_paths:
#读取DICOM文件
image = sitk.ReadImage(input_path)
#将像素值归一化到0到255
image = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(image), sitk.sitkUInt8)
#使用分水岭分割算法对图像进行分割
seg = sitk.MorphologicalWatershed(image, level=3, markWatershedLine=True)
#获取保存路径
output_path = os.path.join(output_dir, os.path.basename(input_path))
#保存分割结果
sitk.WriteImage(seg, output_path)
```
这是一个简单的示例,仅仅展示了如何使用分水岭分割算法批量分割DICOM图像。具体实现可能会因为具体需求而略有不同。