请以详细的案例演示用Python将两个不同b值的DWI dicom图像合成ADC图
时间: 2024-11-04 19:15:23 浏览: 56
在Python中,我们可以使用一些医学图像处理库,如`SimpleITK`(Image Toolkit for ITK),来读取DICOM文件并合成ADC (Apparent Diffusion Coefficient) 图像。这里是一个简单的例子,我们将假设你已经有了两个包含ADC信息(通常存储在B-value系列中)的DICOM文件。
首先,你需要安装必要的库:
```bash
pip install SimpleITK Pydicom numpy matplotlib
```
然后,你可以编写以下Python脚本来完成这个任务:
```python
import SimpleITK as sitk
import pydicom
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
# 定义函数来从DICOM中提取ADC数据
def extract_ADC(dicom_series, b_value):
series = [pydicom.read_file(file_path) for file_path in dicom_series]
ADC_data = [s['adc'][0][0] for s in series if 'adc' in s and int(s.ImagePositionPatient[2]) == b_value]
return ADC_data
# 假设你有两组不同b值的DICOM路径列表
dicom_paths_b0 = ['path_to_b0_dcm_1', 'path_to_b0_dcm_2'] # 无扩散加权图像(b=0)
dicom_paths_b1000 = ['path_to_b1000_dcm_1', 'path_to_b1000_dcm_2'] # 高扩散加权图像(b=1000)
# 提取ADC数据
ADC_b0 = extract_ADC(dicom_paths_b0, 0)
ADC_b1000 = extract_ADC(dicom_paths_b1000, 1000)
# 将ADC数据整合到一个数组中
ADC_array = np.array([ADC_b0, ADC_b1000])
# 计算平均ADC值
mean_ADC = np.mean(ADC_array, axis=0)
# 将结果保存为新的ADC图像
sitk_ADC = sitk.GetImageFromArray(mean_ADC)
sitk_ADC.SetOrigin(series[0].ImagePositionPatient)
sitk_ADC.SetSpacing(series[0].PixelSpacing)
sitk_ADC.SetDirection(series[0].ImageOrientationPatient)
# 显示ADC图像
sitk.Show(sitk_ADC)
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