蛋白质组学火山图log2 Fold Change (LogFC) 和 -log10的p-value (-log10 P-value)的R代码

在R语言中，制作蛋白质组学火山图通常会使用`ggplot2`包，这里是一个简单的例子，假设你已经有了一个包含`log2FoldChange`（LogFC）和`adj.P.Val`（调整后的p-value）的数据框（比如`protein_data`）:

# 首先安装需要的库，如果尚未安装
install.packages("ggplot2")
install.packages("tidyverse") # 包含dplyr等

# 加载所需的库
library(ggplot2)
library(tidyverse)

# 假设数据已经整理好，只保留感兴趣的列
volcano_data <- protein_data %>%
  select(log2FoldChange = log2FoldChange, p_value_adj = adj.P.Val) %>%
  mutate(-log10(p_value_adj)) 

# 设置颜色映射
color_pal <- scale_fill_gradient(low = "gray", high = "red", guide = FALSE)

# 创建火山图
volcano_plot <- ggplot(volcano_data, aes(x = -log10_p, y = log2FoldChange, fill = ifelse(log2FoldChange > 0, "upregulated", "downregulated"))) +
  geom_point(alpha = 0.75, size = 3) +
  labs(
    x = "-log10(Adjusted P-value)",
    y = "Log2 Fold Change",
    title = "Protein Expression Volcano Plot"
  ) +
  theme_minimal() +
  color_pal

# 显示火山图
volcano_plot

这只是一个基础版本，你可以根据需要添加网格线、标签、图例调整以及动态调整颜色阈值来更精细地定制你的火山图。

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