Error in as(bam, "GRanges", ignore.strand = TRUE) : 参数没有用(ignore.strand = TRUE)\
时间: 2024-03-31 10:34:11 浏览: 20
这个错误提示意味着你使用了 'ignore.strand = TRUE' 参数,但是该参数在 'as' 函数中不被识别。可能是因为你使用的对象类型不支持该参数。你可以检查一下你传入 'as' 函数的对象类型是否正确,并且该对象是否支持 'ignore.strand' 参数。如果你仍然需要忽略链信息,你可以在转换对象之前使用 'strand()' 函数将所有元素的链信息设置为相同的值,再进行转换。
相关问题
[root@fdb46c5096dd picard-3.0.0]# java -jar picard.jar BuildBamIndex I=/var/www/html/sites/default/files/raw/pame.bam/pame.ont.bam O=/var/www/html/sites/default/files/raw/pame.bam/pame.ont.bam.bai Error: Unable to access jarfile picard.jar
这个错误通常是由于当前目录下没有找到`picard.jar`文件导致的。请确保您在运行Picard命令之前,已经正确导航到Picard工具的安装目录。
您可以按照以下步骤解决这个问题:
1. 确保您已经正确安装了Picard工具,并记住Picard工具的安装路径。
2. 打开终端或命令提示符,并使用`cd`命令导航到Picard工具的安装目录,例如:
```
cd /path/to/picard
```
在这个命令中,将`/path/to/picard`替换为实际的Picard工具安装路径。
3. 确认您已经在正确的目录中,可以使用`ls`命令查看当前目录下的文件列表,并确保`picard.jar`文件存在。
4. 使用带有完整路径的`java -jar`命令运行Picard的BuildBamIndex命令,例如:
```
java -jar /path/to/picard/picard.jar BuildBamIndex \
I=/var/www/html/sites/default/files/raw/pame.bam/pame.ont.bam \
O=/var/www/html/sites/default/files/raw/pame.bam/pame.ont.bam.bai
```
在这个命令中,将`/path/to/picard/picard.jar`替换为实际的`picard.jar`文件路径,并将输入和输出路径替换为您实际使用的路径。
确保按照上述步骤正确导航到Picard工具的安装目录,并提供正确的路径,以解决无法访问`picard.jar`文件的问题。
Rscript run-featurecounts.R --bam parv1.sorted.bam --gtf genomic.gtf --output OUTPUT Error in library(argparser, quietly = TRUE) : there is no package called ‘argparser’ Execution halted
这个错误的原因是 R 无法找到 argparser 包。你需要在 R 中安装 argparser 包,可以使用以下命令:
```R
install.packages("argparser")
```
如果你已经安装了 argparser 包,但仍然出现这个错误,你可以尝试重新安装一下这个包,或者检查一下包的版本是否与你的 R 版本兼容。
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