在plink里面转换染色体编码

在PLINK（a powerful toolset for genetic association analysis and population-based linkage disequilibrium mapping）中，转换染色体编码通常是通过`recode`命令来完成的，尤其是当你的数据来自于不同的资源或有非传统的染色体标记时。

`plink --recode A` 命令允许你对样本的染色体进行重新编码，其中 `A` 可以是一个文件，列出你需要重新映射的原始染色体名称及其对应的新编号。例如，如果你有一个文件`chromosome_mapping.txt`，其中包含了 "2" 映射到 "1", "3" 映射到 "2" 的规则，你可以这样操作：

plink --bfile your_input_file \
      --recode A=chromosome_mapping.txt \
      --make-bed --out new_output_file

这里，`your_input_file` 是你的原始数据文件，`new_output_file` 将是转换后的新的.bed、.bim和.fam文件。

需要注意的是，在转换前最好先备份原始数据，并确保你的映射准确无误，因为一旦转换，原数据将不可逆。

相关问题

plink将raw文件转换成012的形式里面出现NA的情况

在使用Pythonnet的plink模块将文本文件转换为Plink PED和MAP格式时，如果原始数据（如`short2_pre_snp_tumor.txt`）存在缺失值（NA），plink会保留这些NA。当数据被转换为二进制(012)形式时，通常NA会被表示出来，具体方式取决于plink的设置。

1. **处理NA值**[^1]:
- 如果`short2_pre_snp_tumor.txt`中的某些基因位点有NA，它们可能会被转换为特定的标记，比如-plink命令可能默认将NA编码为0（未发现），1（存在但未知），或2（已知）。这取决于使用的plink版本和配置选项。

2. **转换操作**:
- 当使用`write.table()`函数将ped文件写入时，需要确保在调用`plink`时指定了正确的选项来处理NA。例如，可以使用`--allow-missing`或`--geno-unknowns`等参数来允许NA的存在。

   import plinknet as pnx

   # 假设ped_data是你的ped对象
   BRCA_tumorfromR = pnx.load_ped("short2_pre_snp_tumor.txt")
   pnx.write_plink(BRCA_tumorfromR, "BRCA_tumor.ped", missing="0/1")  # 使用0/1编码NA

plink 在Linux 系统安装流程

Plink是一个Windows下的终端仿真程序，它允许你在Unix/Linux系统上像在本地主机上一样操控远程计算机。如果你想在Linux系统上安装Plink，通常Plink作为PuTTY工具的一部分会被提供，因为PuTTY包含了一个跨平台的版本。以下是简化的安装步骤：

1. **检查已安装**: 首先，打开终端并输入`plink`命令。如果系统能找到该命令，则可能已经预装了。如果没有，继续下一步。

2. **更新包列表** (对于基于Debian或Ubuntu的系统)：

   sudo apt-get update

3. **安装PuTTY及依赖**:

   sudo apt-get install openssh-client -y

或者对于基于Fedora或CentOS的系统：

   sudo yum install openssh-clients -y

4. **查找Plink位置**:
安装完成后，你可以找到Plink通常位于 `/usr/bin/plink` 或 `/usr/local/bin/plink`。

5. **验证安装**:
输入 `plink` 并尝试连接到一个服务器，如果能成功连接，说明Plink已安装完成。

注意，如果你需要特定功能的Plink（如SSH隧道或SCP文件传输），可能还需要单独安装`puttygen`（生成SSH密钥对的工具）和`pageant`（处理私钥的代理程序）。