编写一个python函数,给定一个DNA序列,该函数可检测序列中是否存在大小为k的重复子序列(其中k应该作为参数传递给函数)。结果是一个字典,以子序列作为键,以它们的频率作为值。该函数查询大小为k的子序列时要用坏字符和好后缀规则来实现。
时间: 2024-09-28 07:03:08 浏览: 31
好的,你可以编写一个名为`detect_k_subsequence_duplicates`的Python函数,使用滑动窗口技巧结合哈希集合来实现这个功能。这里是一种可能的实现:
```python
def bad_char_suffix_rule(seq, k):
# 初始化数据结构
window_hash = set()
result = {}
# 使用双指针i和j,i表示窗口开始,j表示窗口结束
i, j = 0, k
while j < len(seq):
# 计算当前窗口子序列(忽略最后一个字符)
subseq = seq[i:j]
# 如果新窗口的子序列已经在之前出现过(好后缀规则)
if subseq in window_hash:
# 更新计数并添加到结果字典中
result[subseq] += 1
else:
# 添加新子序列到窗口哈希集合
window_hash.add(subseq)
# 移动窗口右边界
j += 1
# 当窗口右边界超过左边界+k,移除左边界对应的子序列(坏字符规则)
if j - i > k:
window_hash.remove(seq[i])
i += 1
return result
# 示例
dna_seq = "ATCGTTCGATCG"
k = 3
result = detect_k_subsequence_duplicates(dna_seq, k)
print(result) # 输出子序列及其频率
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