如果将ext = '\*.dcm';改为ext = '\*.jpg';代码需要如何调整

时间: 2024-09-15 14:08:57 浏览: 32
如果你将`ext = '\*.dcm';`更改为`ext = '\*.jpg';`,这意味着你要寻找的是.jpg格式的图片文件而不是.dcm格式的文件。以下是调整后的代码片段: ```matlab for m = 3:n1 % 列出文件夹内所有的jpg图像文件 nm1 = fullfile(pt,nms{m}); ext = '\*.jpg'; % 修改这里,寻找.jpg文件 dis2 = dir([nm1 ext]); % 搜索指定路径下的.jpg文件 nms2 = {dis2.name}; % 保存文件名称 n2 = length(nms2); % 计算数量 for k = 1:n2 i = i+1; nm2 = fullfile(nm1,nms2{k}); % 获取每个文件的完整路径 % 进行后续针对.jpg文件的操作 end end ``` 这个改动后,代码将搜索指定路径下的所有.jpg文件,并按照之前的方式继续进行处理,比如读取、处理或分析这些图片。记得检查目标文件夹中是否存在.jpg文件,否则可能会遇到空数组或找不到文件的情况。
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dcmSOPs = findSOPs(path) paths = list(map(str,path.split("\\"))) patient = paths[-2] time = paths[-1] rvFile = path+'\\RS.{}'.format(patient)+'.CT_1.dcm'.format(time) ds = pydicom.dcmread(rvFile) contours = ds.ROIContourSequence dcmFile = path+'\\CT.{}'.format(patient)+'.Image {}.dcm'.format(str(int(1))) ds = pydicom.dcmread(dcmFile) dcmOrigin = ds.ImagePositionPatient dcmSpacing = ds.PixelSpacing numberOfContours = len(contours[labelID].ContourSequence) print("time",time,": numberOfContourPts=",numberOfContours) cuts = [] 按行解释这段代码

Sure, here is an explanation of the provided code snippet: 1. `dcmSOPs = findSOPs(path)` - This line is calling a function `findSOPs` that presumably returns a list of DICOM file paths in the given `path` directory. 2. `paths = list(map(str,path.split("\\")))` - This line is splitting the `path` string using the backslash as a separator and then converting each element to a string and storing them in a list called `paths`. 3. `patient = paths[-2]` - This line is extracting the second last element from the `paths` list and storing it in a variable called `patient`. 4. `time = paths[-1]` - This line is extracting the last element from the `paths` list and storing it in a variable called `time`. 5. `rvFile = path+'\\RS.{}'.format(patient)+'.CT_1.dcm'.format(time)` - This line is creating a file path for a DICOM file with the name `RS.<patient>.CT_1.dcm` in the given `path` directory. 6. `ds = pydicom.dcmread(rvFile)` - This line is reading the DICOM file at the `rvFile` path using the `pydicom` library and storing it in a `Dataset` object called `ds`. 7. `contours = ds.ROIContourSequence` - This line is extracting the contour sequence from the `ds` dataset and storing it in a variable called `contours`. 8. `dcmFile = path+'\\CT.{}'.format(patient)+'.Image {}.dcm'.format(str(int(1)))` - This line is creating a file path for a DICOM file with the name `CT.<patient>.Image 1.dcm` in the given `path` directory. 9. `ds = pydicom.dcmread(dcmFile)` - This line is reading the DICOM file at the `dcmFile` path using the `pydicom` library and storing it in a `Dataset` object called `ds`. 10. `dcmOrigin = ds.ImagePositionPatient` - This line is extracting the image position patient from the `ds` dataset and storing it in a variable called `dcmOrigin`. 11. `dcmSpacing = ds.PixelSpacing` - This line is extracting the pixel spacing from the `ds` dataset and storing it in a variable called `dcmSpacing`. 12. `numberOfContours = len(contours[labelID].ContourSequence)` - This line is calculating the number of contour points for the `labelID`-th contour sequence in `contours` and storing it in a variable called `numberOfContours`. 13. `print("time",time,": numberOfContourPts=",numberOfContours)` - This line is printing the `time` and `numberOfContours` values to the console. 14. `cuts = []` - This line is initializing an empty list called `cuts`.

检查下面代码:import pydicom import numpy as np # 加载DICOM图像 ds = pydicom.dcmread('11.dcm') # 获取图像数据 img = ds.pixel_array # 获取标记数据 overlay_data = ds.OverlayData overlay_rows = ds.OverlayRows overlay_cols = ds.OverlayColumns # 将标记数据转换为numpy数组 overlay_data = np.frombuffer(overlay_data, dtype=np.uint8) overlay_data = overlay_data.reshape((overlay_rows, overlay_cols)) # 将标记的位置信息与图像数据进行合并。可以使用Pillow库中的Image.fromarray()函数将图像数据转换为PIL图像对象,并使用PIL图像对象的paste()函数将标记的位置覆盖为背景色。 # 复制 from PIL import Image # 将图像数据转换为PIL图像对象 img_pil = Image.fromarray(img) # 获取标记的位置信息 # 在示例图像中,标记的值为1 mask = overlay_data == 1 x, y = np.where(mask) # 将标记的位置覆盖为背景色 bg_color = 255 # 背景色为白色 for x_, y_ in zip(x, y): img_pil.putpixel((y_, x_), bg_color) # 将处理后的图像转换为numpy数组 img_cleaned = np.array(img_pil) # 创建新的PixelData元素 new_pixel_data = pydicom.dataelem.DataElement( 0x7fe00010, 'OW', img_cleaned.tobytes()) # 替换原来的PixelData元素 ds.PixelData = new_pixel_data # 保存处理后的图像 ds.save_as('example_cleaned.dcm')

这段代码的作用是读取一个 DICOM 图像文件,并将其中的标记数据覆盖为背景色。具体的实现过程如下: 1. 使用 `pydicom` 库的 `dcmread` 函数读取 DICOM 图像数据,将其存储在 `ds` 对象中。 2. 从 `ds` 对象中获取图像数据,存储在 `img` 变量中。 3. 从 `ds` 对象中获取标记数据,存储在 `overlay_data` 变量中。 4. 将 `overlay_data` 数组转换为numpy数组,并将其形状重新调整为 `(overlay_rows, overlay_cols)`。 5. 将标记的位置信息与图像数据进行合并。先将图像数据转换为PIL图像对象,然后使用PIL图像对象的 `putpixel` 函数将标记的位置覆盖为背景色。 6. 将处理后的图像转换为numpy数组,并创建新的 `PixelData` 元素。 7. 使用 `pydicom` 库的 `save_as` 函数将处理后的图像数据保存为新的 DICOM 文件。 需要注意的是,本段代码中的标记信息是二进制数据,需要先将其转换为numpy数组才能进行后续处理。另外,该代码中的标记信息只处理了值为1的像素,如果标记信息中还有其他像素值需要处理,可以根据实际情况进行修改。

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def findContours(path,isPlot=False): dcmSOPs = findSOPs(path) #path,rtFile = os.path.split(rvFileName) paths = list(map(str,path.split("\\"))) patient = paths[3] time = paths[4] rvFile = path+'\\RS.{}'.format(patient)+'.CT_{}%.dcm'.format(time) ds = pydicom.dcmread(rvFile) contours = ds.ROIContourSequence dcmFile = path+'\\CT.{}'.format(patient)+'.Image {}.dcm'.format(str(int(1))) ds = pydicom.dcmread(dcmFile) dcmOrigin = ds.ImagePositionPatient dcmSpacing = ds.PixelSpacing # GTV 为第二个轮廓 numberOfContours = len(contours[1].ContourSequence) cuts = [] # 找出包含GTV的CT minXY = 600 maxXY = -1 for k in range(0,numberOfContours): rfContent = contours[1].ContourSequence[k] # 读取该靶区所在CT切片的信息 dcmUID = rfContent.ContourImageSequence[0].ReferencedSOPInstanceUID #print(numberOfContours,len(dcmSOPs),dcmUID) #print(k,dcmSOPs.index(dcmUID)) cuts.append(dcmSOPs.index(dcmUID)) numberOfPoints = rfContent.NumberOfContourPoints # 该层靶区曲线点数 conData = np.zeros((numberOfPoints,3)) # 存储靶区曲线各点的世界坐标 pointData = np.zeros((numberOfPoints,2)) # 存储靶区曲线各点的网格体素坐标 #将靶区勾画的曲线坐标由世界坐标系转换为网格体素坐标 for jj in range(0,numberOfPoints): ii = jj*3 conData[jj,0] = rfContent.ContourData[ii+0] #轮廓世界坐标系 conData[jj,1] = rfContent.ContourData[ii+1] conData[jj,2] = rfContent.ContourData[ii+2] pointData[jj,0] = round( (conData[jj,0] - dcmOrigin[0])/dcmSpacing[0] ) #轮廓X坐标 pointData[jj,1] = round( (conData[jj,1] - dcmOrigin[1])/dcmSpacing[1] ) #轮廓Y坐标 minX = np.min(pointData[:,0]) maxX = np.max(pointData[:,0]) minY = np.min(pointData[:,1]) maxY = np.max(pointData[:,1]) if minXY>minX: minXY = minX elif minXY>minY: minXY = minY elif maxXY<maxX: maxXY = maxX elif maxXY<maxY: maxXY = maxY #print('minXY={}'.format(minXY),'maxXY={}'.format(maxXY)) cuts = np.array(cuts) writeToFile(cuts,path+'\\GTV_indexs.txt') return minXY,maxXY,cuts

close all clear clc disp('***** 基于EKF的位置速度观测组合导航程序 *****'); disp('Step1:加载数据;'); load IMU_data200.mat %惯导原始数据 load Reference_data.mat %GPS测量数据 disp('Step2:初始化参数;'); %% 一些导航参数常数项 WIE = 7.292115e-5; % 地球自转角速度 r0 = 6378137.0; % 地球半径 EE = 0.0818191908426; % 偏心率 d2r = pi/180; % degree to radian r2d = 180/pi; % radian to degree dh2rs = d2r/3600; % deg/h to rad/s %% 导航坐标系下初始化姿态,速度,位置 yaw = (0)*pi/180;%航向角 pitch = 0*pi/180;%俯仰角 roll = 0*pi/180;%滚动角 cbn=eul2dcm(roll,pitch,yaw); cnb=cbn'; q=dcm2quat(cbn)'; Vn=0;%北向速度 Ve=0;%东向速度 Vd=0;%地向速度 V_last=[Vn Ve Vd]'; Lati = 31.4913627505302*pi/180;%纬度 Longi= 120.849577188492*pi/180;%经度 Alti = 6.6356;%高度 sampt0=1/200;%惯导系统更新时间 Rn = r0*(1-EE^2)/(1-EE^2*(sin(Lati))^2)^1.5; %子午圈曲率半径 Re = r0/(1-EE^2*(sin(Lati))^2)^0.5; %卯酉圈曲率半径 g_u = -9.7803267711905*(1+0.00193185138639*sin(Lati)^2)... /((1-0.00669437999013*sin(Lati)^2)^0.5 *(1.0 + Alti/r0)^2); g = [0 0 -g_u]';%重力 g0=9.80665; %% 卡尔曼滤波P、Q、R设置 % P的设置 std_roll = (5)*d2r; std_pitch = (5)*d2r; std_yaw = (60)*d2r; std_vel = 0.1; std_pos = 5; std_gyro = 3*0.5*dh2rs; % 陀螺随机漂移0.5度/小时 std_acc = 3*0.15e-3*g0; % 加表零偏0.15mg Pfilter = diag([std_roll^2 std_pitch^2 std_yaw^2 std_vel^2 std_vel^2 std_vel^2 (std_pos/3600/30/57.3)^2 (std_pos/3600/30/57.3)^2 std_pos^2 std_gyro^2 std_gyro^2 std_gyro^2 std_acc^2 std_acc^2 std_acc^2]); % Q的设置 std_Wg = 0.15*(2.909*1e-4); % 陀螺漂移噪声,度/根号小时转化成rad/根号秒 std_Wa = 0.21/60/3; % 加表漂移噪声 Qkf = diag([std_Wg^2 std_Wg^2 std_Wg^2 std_Wa^2 std_Wa^2 std_Wa^2]); G = zeros(15, 6); F = zeros(15); F_i=zeros(9,9); F_s=zeros(9,6); H = zeros(6,15); H(1:3,4:6) = eye(3); H(4:6,7:9) = eye(3); % R的设置 R = diag([std_vel^2 std_vel^2 std_vel^2 (std_pos/3600/30/57.3)^2 (std_pos/3600/30/57.3)^2 (std_pos)^2]);

if __name__ == '__main__': # -------------Adjustable global parameters---------- n=512 # pixel number m=10 # number of time phases angle = 5 # #sample points = 360/angle on the boundary numOfAngles = int(180/angle) numOfContourPts = int(360/angle) labelID = 1 # 勾画的RS文件中第几个轮廓为GTV # path of the input data folder = 'E:\\MedData\\4DCT-202305\\' #patient = '0007921948' # 缺少时间信息 patient = '0000726380' # 病人的编号 # 呼吸曲线数据文件 vxpPath = folder+patient+'\\0000726380\\0000726380_20230420_143723.vxp' # Save the generated figures to the latex file path figPath = "D:\\HUNNU\\Research\\DMD\\4D-CT\\latex-DMD插值\\modify202305\\figure\\" # -------------Auto generated global parameters---------- # 每个dicom文件包含多少横截面 name = os.listdir(folder+patient+'\\0') cuts = [] for i in range(len(name)): if 'CT' in name[i][0:2]: cuts.append(i+1) cuts = np.array(cuts) # phase name times = np.linspace(0,90,10) # image pixel coordinate nums = np.linspace(0,n-1,n) x,y = np.meshgrid(nums,nums) # 输出dicom头文件信息 filename = folder+patient+'\\0\\CT.{}'.format(patient)+'.Image 1.dcm' print('CT dicom file information:') info = loadFileInformation(filename) # 像素之间的间距,包括列间距和行间距,单位mm SliceThickness = info['SliceThickness'] # Z轴的扫描分辨率,单位mm pixelSpace = info['pixelSpace'] # 一个像素所占的实际体积 pixelVol = float(pixelSpace[0])*float(pixelSpace[0])*float(SliceThickness) print('sliceThickness=',SliceThickness,' pixelSpace=',pixelSpace)

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