scale.list <- lapply(norm.list,function(mat){ Seurat:::ScaleData.default(object = mat, features = hvg.features,verbose=FALSE)})

时间: 2023-06-11 17:10:28 浏览: 52
这段代码是一个使用lapply函数的语句,用于对一个存储了多个基因表达矩阵的列表(norm.list)中的每个矩阵进行数据标准化操作。具体来说,它使用了Seurat包中的ScaleData.default函数,对每个矩阵进行标准化,并将标准化后的结果存储在一个新的列表(scale.list)中。其中,features参数指定了用于标准化的基因集合,verbose参数用于控制是否输出详细信息。
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scale.list <- lapply(1:length(count.list),function(i){ return (scale.list[[i]][na.omit(match(rownames(count.list[[i]]),rownames(scale.list[[i]]))),])})

这段代码是将每个数据框(count.list和scale.list)中的行名进行匹配,然后从scale.list中选出匹配到的行并返回一个新的列表。具体来说,它使用了lapply函数对count.list中的每个数据框进行循环操作,将其行名与scale.list中的匹配并返回匹配到的行,最终得到一个新的列表。其中na.omit(match())的作用是返回在scale.list中存在的行名,因为match()函数会返回缺失值,而na.omit()函数会去除缺失值。

library(ggplot2) library(gganimate) library(magick) library(animation) # 读入 PNG 图片 imgs <- lapply(1:9, function(i) { img <- image_read(paste0("E:/NorthChinaDustBreakout/z_Figure/FY4/22/", i, ".png")) img }) img_info <- image_info(imgs[1]) ani.width <- img_info$width ani.height <- img_info$height # 合成 GIF 动画 saveGIF({ for (i in 1:length(imgs)) { print(imgs[[i]]) ani.pause(0.1) } }, movie.name = "E:/NorthChinaDustBreakout/z_Figure/FY4/22/output.gif", interval = 0.1, ani.width = ani.width, ani.height = ani.height) 这个代码怎么改

这段代码是用 magick 包将一组 PNG 图片合成为一个 GIF 动画,并将其保存到本地。如果你想改变 GIF 的帧率,你可以修改 `interval` 参数的值。如果你想改变 GIF 的大小,你可以修改 `ani.width` 和 `ani.height` 参数的值。 以下是修改后的代码示例: ```R library(magick) # 读入 PNG 图片 imgs <- lapply(1:9, function(i) { img <- image_read(paste0("E:/NorthChinaDustBreakout/z_Figure/FY4/22/", i, ".png")) img }) # 获取原始图片的分辨率 img_info <- image_info(imgs[1]) ani.width <- img_info$width ani.height <- img_info$height # 合成 GIF 动画,并保存到本地 saveGIF({ for (i in 1:length(imgs)) { print(imgs[[i]]) ani.pause(0.1) } }, movie.name = "E:/NorthChinaDustBreakout/z_Figure/FY4/22/output.gif", interval = 0.05, ani.width = ani.width, ani.height = ani.height) ``` 请将 `interval` 参数的值设置为你所需的帧率。这里将其设置为 0.05 秒。

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#------(一)方法1:基于指标体系1的结果---- #--------1.数据导入------------- library(xlsx) d1.1 <- read.xlsx('data.xlsx', '2022', encoding = "UTF-8") #读取数据 head(d1.1,10) colnames(d1.1) d1 <- d1.1[,5:ncol(d1.1)] d1 <- abs(d1) #---------2.归一化处理--------------- Rescale = function(x, type=1) { # type=1正向指标, type=2负向指标 rng = range(x, na.rm = TRUE) if (type == 1) { (x - rng[1]) / (rng[2] - rng[1]) } else { (rng[2] - x) / (rng[2] - rng[1]) } } #---------3.熵值法步骤---------- #定义熵值函数 Entropy = function(x) { entropy=array(data = NA, dim = ncol(x),dimnames = NULL) j=1 while (j<=ncol(x)) { value=0 i=1 while (i<=nrow(x)) { if (x[i,j]==0) { (value=value) } else { (value=value+x[i,j]*log(x[i,j])) } i=i+1 } entropy[j]=value*(-1/log(nrow(x))) j=j+1 } return(entropy) } Entropy_Weight = function(X, index) { pos = which(index == 1) neg = which(index != 1) X[,pos] = lapply(X[,pos], Rescale, type=1) X[,neg] = lapply(X[,neg], Rescale, type=2) P = data.frame(lapply(X, function(x) x / sum(x))) e = Entropy(P) d = 1 - e # 计算信息熵冗余度 w = d / sum(d) # 计算权重向量 list(X = X,P = P, w=w) } #-------4.代入数据计算权重----- # -------二级指标权重------ ind=array(rep(1,ncol(d1))) aa=Entropy_Weight(X = d1,index = ind) weight=as.data.frame(aa["w"]) weigh X <- as.data.frame(aa["X"]) X P <- as.data.frame(aa["P"]) P d1.a <- X[,c(grep("A",colnames(X)))] d1.b <- X[,c(grep("B",colnames(X)))] d1.c <- X[,c(grep("C",colnames(X)))] d1a <- as.matrix(d1.a) d1b <- as.matrix(d1.b) d1c <- as.matrix(d1.c) n1 <- ncol(d1a) n2 <- ncol(d1b) n3 <- ncol(d1c) wa <- weight[1:n1,1] wb <- weight[(n1+1):(n1+n2),1] wc <- weight[(n1+n2+1):(n1+n2+n3),1] wa <- as.matrix(wa,ncol =1) wb <- as.matrix(wb,ncol =1) wc <- as.matrix(wc,ncol =1) indexa <- d1a%*%wa indexb <- d1b%*%wb indexc <- d1c%*%wc d1abc <- cbind(indexa,indexb,indexc) 参考以上代码,用不同一级指标下分别计算二级指标权重,

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