DimPlot(SRR780_val,reduction = "tsne",group.by = "doublets") Error: Cannot find 'doublets' in this Seurat object
时间: 2024-03-14 18:43:37 浏览: 15
这个错误是因为你的 Seurat 对象中没有名为 "doublets" 的变量。在使用 `DimPlot()` 函数时,你需要确保 `group.by` 参数指定的变量存在于 Seurat 对象中。如果你想要基于双细胞分离数据进行绘图,你需要首先通过双细胞分离软件(例如 Scrublet 或 DoubletFinder)识别和标记双细胞。然后,你可以将这些标记添加到 Seurat 对象中作为一个新的 metadata 变量,例如:
```r
# 使用 DoubletFinder 识别和标记双细胞
library(DoubletFinder)
SRR780_val$doub_score <- DoubletFinder(SRR780_val@assays$RNA@counts)$scores
# 将标记添加到 Seurat 对象中作为 metadata 变量
SRR780_val <- AddMetaData(SRR780_val, metadata = SRR780_val$doub_score, col.name = "doublets")
```
这样,你就可以在 `DimPlot()` 函数中使用 `group.by = "doublets"` 了。
相关问题
laravel Syntax error or access violation: 1055 'tyun_m_message.tym_month_prod_score.id' isn't in GROUP BY
这个错误通常是由于使用 SQL 的 GROUP BY 子句时,SELECT 中的列与 GROUP BY 中的列不一致所引起的。这通常发生在使用 MySQL 数据库时,因为 MySQL 对 GROUP BY 语句的执行方式与其他数据库有所不同。
解决这个问题的方法是将 SELECT 子句中的列添加到 GROUP BY 子句中,或者使用聚合函数(如 SUM、COUNT 等)对 SELECT 中的列进行聚合。例如:
```
SELECT id, SUM(score) as total_score
FROM tyun_m_message.tym_month_prod_score
GROUP BY id
```
以上示例中,我对 id 进行了分组,并使用 SUM 聚合函数对 score 进行了聚合。
希望这可以帮助你解决问题。
php-amqplib CHANNEL_ERROR - expected 'channel.open'(60, 10)
这个错误通常是由于RabbitMQ管道未正确打开导致的。在使用php-amqplib时,您需要确保在使用管道之前正确打开管道。下面是一个简单的示例代码,可以帮助您正确打开RabbitMQ管道:
```php
<?php
require_once __DIR__ . '/vendor/autoload.php';
use PhpAmqpLib\Connection\AMQPStreamConnection;
$host = 'localhost';
$port = 5672;
$username = 'guest';
$password = 'guest';
$exchange = 'test_exchange';
$routing_key = 'test_routing_key';
$message = 'Hello, world!';
$connection = new AMQPStreamConnection($host, $port, $username, $password);
$channel = $connection->channel();
$channel->exchange_declare($exchange, 'direct', false, true, false);
$channel->queue_declare($routing_key, false, true, false, false);
$channel->queue_bind($routing_key, $exchange);
$channel->basic_publish(new \PhpAmqpLib\Message\AMQPMessage($message), $exchange, $routing_key);
$channel->close();
$connection->close();
echo "Message sent successfully!\n";
```
在这个例子中,我们首先创建了一个AMQPStreamConnection对象,并使用该对象打开了一个RabbitMQ管道。然后,我们声明了一个交换机和一个队列,并将队列绑定到交换机上。最后,我们发布了一条消息,并关闭了管道和连接。
请注意,在使用php-amqplib时,正确打开管道非常重要。如果您在使用管道之前没有正确打开管道,就会遇到类似于“CHANNEL_ERROR - expected 'channel.open'”这样的错误。