DimPlot(SRR780_val,reduction = "tsne",group.by = "doublets") Error: Cannot find 'doublets' in this Seurat object

这个错误是因为你的 Seurat 对象中没有名为 "doublets" 的变量。在使用 `DimPlot()` 函数时，你需要确保 `group.by` 参数指定的变量存在于 Seurat 对象中。如果你想要基于双细胞分离数据进行绘图，你需要首先通过双细胞分离软件（例如 Scrublet 或 DoubletFinder）识别和标记双细胞。然后，你可以将这些标记添加到 Seurat 对象中作为一个新的 metadata 变量，例如：

# 使用 DoubletFinder 识别和标记双细胞
library(DoubletFinder)
SRR780_val$doub_score <- DoubletFinder(SRR780_val@assays$RNA@counts)$scores

# 将标记添加到 Seurat 对象中作为 metadata 变量
SRR780_val <- AddMetaData(SRR780_val, metadata = SRR780_val$doub_score, col.name = "doublets")

这样，你就可以在 `DimPlot()` 函数中使用 `group.by = "doublets"` 了。

相关问题

laravel Syntax error or access violation: 1055 'tyun_m_message.tym_month_prod_score.id' isn't in GROUP BY

这个错误通常是由于使用 SQL 的 GROUP BY 子句时，SELECT 中的列与 GROUP BY 中的列不一致所引起的。这通常发生在使用 MySQL 数据库时，因为 MySQL 对 GROUP BY 语句的执行方式与其他数据库有所不同。

解决这个问题的方法是将 SELECT 子句中的列添加到 GROUP BY 子句中，或者使用聚合函数（如 SUM、COUNT 等）对 SELECT 中的列进行聚合。例如：

SELECT id, SUM(score) as total_score
FROM tyun_m_message.tym_month_prod_score
GROUP BY id

以上示例中，我对 id 进行了分组，并使用 SUM 聚合函数对 score 进行了聚合。

希望这可以帮助你解决问题。

hisat2 -p 2 -x '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/genomic.fasta.fna' -U '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/SRR9429962.fasta.gz' -S hisat2_outdir.sam Warning: Invalid file format (ERR): "/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/genomic.fasta.fna" does not exist Exi

这个错误提示表明 HISAT2 在指定的路径下找不到参考基因组文件 '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/genomic.fasta.fna'。请检查文件路径是否正确，以及文件是否存在于指定的目录中。如果文件确实存在，请检查文件名拼写是否正确。如果文件不存在，请下载参考基因组文件并将其放入指定目录中。